More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3688 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3688  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 1469 aa  2965    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  29.73 
 
 		 833 aa  156  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 		 635 aa  149  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  30.3 
 
 		 783 aa  148  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  30.64 
 
 		 794 aa  145  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  25.34 
 
 		 697 aa  143  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  30.47 
 
 		 630 aa  143  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 		 797 aa  142  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  27.86 
 
 		 649 aa  133  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  26.27 
 
 		 714 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  29.01 
 
 		 805 aa  132  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  27.08 
 
 		 705 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  25.61 
 
 		 673 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  26.16 
 
 		 704 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  27.75 
 
 		 803 aa  130  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  27.26 
 
 		 705 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  27 
 
 		 710 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  31.14 
 
 		 784 aa  128  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  25.87 
 
 		 703 aa  128  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  31.14 
 
 		 784 aa  128  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  28.28 
 
 		 807 aa  128  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.99 
 
 		 738 aa  128  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 		 654 aa  127  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  28.68 
 
 		 686 aa  127  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  26.59 
 
 		 704 aa  126  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  26.13 
 
 		 650 aa  126  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  29.73 
 
 		 632 aa  126  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  26.09 
 
 		 707 aa  126  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  26.13 
 
 		 654 aa  126  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  26.41 
 
 		 670 aa  125  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  27.82 
 
 		 804 aa  125  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 757 aa  125  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 757 aa  125  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 757 aa  125  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.92 
 
 		 745 aa  125  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 757 aa  125  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 757 aa  125  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 757 aa  125  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  26 
 
 		 706 aa  125  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 750 aa  125  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  26.12 
 
 		 703 aa  125  8e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  28.9 
 
 		 829 aa  124  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  25.09 
 
 		 724 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  24.87 
 
 		 655 aa  124  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  31.45 
 
 		 721 aa  124  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.34 
 
 		 641 aa  124  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  31.45 
 
 		 721 aa  124  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  31.16 
 
 		 705 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  22.9 
 
 		 750 aa  123  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  31.25 
 
 		 704 aa  124  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  25.63 
 
 		 702 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  30.77 
 
 		 714 aa  123  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  30.88 
 
 		 727 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  25.29 
 
 		 681 aa  122  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  25.78 
 
 		 689 aa  122  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  25.55 
 
 		 700 aa  122  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  25.55 
 
 		 700 aa  122  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  25.28 
 
 		 672 aa  121  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  28.89 
 
 		 780 aa  121  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  26.4 
 
 		 686 aa  121  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  26.54 
 
 		 686 aa  120  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 		 763 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  30 
 
 		 718 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.38 
 
 		 776 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  29.26 
 
 		 781 aa  120  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  26.35 
 
 		 686 aa  120  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  25.14 
 
 		 673 aa  120  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  26.85 
 
 		 650 aa  120  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  26.54 
 
 		 686 aa  120  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  25.66 
 
 		 658 aa  119  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  26.35 
 
 		 686 aa  119  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  29.97 
 
 		 747 aa  120  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  28.65 
 
 		 783 aa  119  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  28.35 
 
 		 771 aa  119  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 793 aa  119  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  28.35 
 
 		 777 aa  119  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  27.74 
 
 		 775 aa  119  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.37 
 
 		 636 aa  118  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  23.44 
 
 		 799 aa  118  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  27.52 
 
 		 803 aa  118  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  25.69 
 
 		 710 aa  118  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  29.97 
 
 		 718 aa  118  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  28.27 
 
 		 721 aa  118  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  27.25 
 
 		 681 aa  117  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  28.12 
 
 		 726 aa  117  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 		 725 aa  117  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  28.64 
 
 		 774 aa  117  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.96 
 
 		 810 aa  117  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  28.64 
 
 		 774 aa  117  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 717 aa  116  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 		 662 aa  115  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  29.97 
 
 		 706 aa  115  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  29.33 
 
 		 692 aa  115  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  25.3 
 
 		 740 aa  115  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  27.61 
 
 		 723 aa  115  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.5 
 
 		 696 aa  115  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  27.17 
 
 		 814 aa  115  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  26.43 
 
 		 787 aa  114  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  25.43 
 
 		 675 aa  114  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  30.86 
 
 		 668 aa  114  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>