More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1651 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  100 
 
 
895 aa  1866    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  30.56 
 
 
1561 aa  284  4.0000000000000003e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 
953 aa  275  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 
1050 aa  260  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.18 
 
 
962 aa  258  3e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.45 
 
 
1148 aa  258  4e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.86 
 
 
1051 aa  253  2e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1132 aa  245  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.05 
 
 
743 aa  243  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  30.11 
 
 
812 aa  240  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 
774 aa  240  1e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.04 
 
 
1106 aa  239  2e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 
1509 aa  239  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  26.7 
 
 
1092 aa  238  3e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
655 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 
673 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.69 
 
 
1134 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 
1193 aa  234  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.07 
 
 
942 aa  232  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.4 
 
 
1224 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  31.81 
 
 
749 aa  229  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.79 
 
 
955 aa  228  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.68 
 
 
1102 aa  228  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 
1260 aa  228  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  30.27 
 
 
844 aa  228  5.0000000000000005e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.45 
 
 
1115 aa  226  1e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
677 aa  226  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.22 
 
 
925 aa  225  3e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 
955 aa  225  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 
661 aa  225  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 
551 aa  224  6e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
1428 aa  223  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.88 
 
 
1260 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 
733 aa  223  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 
853 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.62 
 
 
632 aa  222  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.41 
 
 
1108 aa  220  7e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 
849 aa  220  7.999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.05 
 
 
662 aa  220  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  26.71 
 
 
1065 aa  219  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
994 aa  219  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 
977 aa  218  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.33 
 
 
1184 aa  218  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  34.5 
 
 
1112 aa  218  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.41 
 
 
874 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 
796 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.64 
 
 
1103 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  38.08 
 
 
541 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.1 
 
 
819 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  38.08 
 
 
541 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 
796 aa  215  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.06 
 
 
1081 aa  215  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.21 
 
 
943 aa  214  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
1079 aa  214  4.9999999999999996e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1700  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.89 
 
 
850 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.99866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
936 aa  214  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
643 aa  214  7.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.53 
 
 
1113 aa  213  9e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  28.52 
 
 
1092 aa  213  9e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.01 
 
 
840 aa  213  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.13 
 
 
660 aa  213  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 
557 aa  213  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  26.12 
 
 
1268 aa  213  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  29.96 
 
 
882 aa  212  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.35 
 
 
859 aa  212  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 
773 aa  213  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7127  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
782 aa  212  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612446  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.63 
 
 
847 aa  212  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  37.21 
 
 
541 aa  212  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  36.86 
 
 
539 aa  211  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 
853 aa  211  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.16 
 
 
828 aa  211  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.32 
 
 
1418 aa  210  8e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.21 
 
 
639 aa  210  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.5 
 
 
1065 aa  209  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  28.86 
 
 
866 aa  209  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.33 
 
 
1275 aa  209  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 
769 aa  209  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 
673 aa  208  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  32.94 
 
 
892 aa  208  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.06 
 
 
845 aa  208  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
925 aa  208  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.38 
 
 
781 aa  207  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
880 aa  207  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
773 aa  206  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
951 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.72 
 
 
1432 aa  206  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.28 
 
 
1019 aa  205  3e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  26.39 
 
 
956 aa  205  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
903 aa  205  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 
789 aa  205  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 
789 aa  205  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.67 
 
 
751 aa  205  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  30.51 
 
 
678 aa  205  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  31.58 
 
 
903 aa  205  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.14 
 
 
1369 aa  204  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.01 
 
 
1086 aa  204  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5814  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
583 aa  204  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.552615  normal  0.0161436 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 
916 aa  204  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.35 
 
 
857 aa  204  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>