83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1187 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 229 aa  463  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 229 aa  463  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  86.03 
 
 		 229 aa  415  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  84.72 
 
 		 229 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  83.7 
 
 		 227 aa  405  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  82.53 
 
 		 229 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  85.15 
 
 		 229 aa  394  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  86.67 
 
 		 226 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  80.35 
 
 		 229 aa  391  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  85.02 
 
 		 227 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  85.46 
 
 		 227 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  79.3 
 
 		 228 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  82.1 
 
 		 229 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  79.3 
 
 		 227 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  80.79 
 
 		 229 aa  381  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  78.41 
 
 		 227 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  81.66 
 
 		 229 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  75.98 
 
 		 229 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  73.13 
 
 		 227 aa  370  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  75.55 
 
 		 229 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  74.89 
 
 		 227 aa  362  2e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  72.44 
 
 		 226 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  76.44 
 
 		 226 aa  359  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 227 aa  359  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  69.6 
 
 		 227 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  69.6 
 
 		 227 aa  347  9e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  70.31 
 
 		 229 aa  347  1e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  68.28 
 
 		 227 aa  346  2e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  68.14 
 
 		 226 aa  345  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  69.47 
 
 		 226 aa  343  2e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  68.14 
 
 		 227 aa  337  8e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  67.4 
 
 		 227 aa  317  7e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  60.71 
 
 		 234 aa  300  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  60.71 
 
 		 234 aa  298  5e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 234 aa  295  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 234 aa  294  7e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 234 aa  293  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 234 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 234 aa  292  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 234 aa  291  5e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 234 aa  291  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 234 aa  291  7e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 234 aa  291  8e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 234 aa  290  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 234 aa  289  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 234 aa  289  3e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 234 aa  288  3e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 234 aa  288  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  59.65 
 
 		 229 aa  287  8e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 234 aa  287  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  57.52 
 
 		 232 aa  284  9e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  57.08 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  54.22 
 
 		 234 aa  264  7e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  47.53 
 
 		 261 aa  228  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  40.53 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  42.48 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  39.04 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  37.27 
 
 		 232 aa  161  9e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  35.81 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  31.8 
 
 		 220 aa  122  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  33.64 
 
 		 220 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  33.18 
 
 		 220 aa  118  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  31.98 
 
 		 220 aa  115  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  31.53 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  31.22 
 
 		 221 aa  108  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  29.74 
 
 		 260 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  29.74 
 
 		 260 aa  98.6  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  29.31 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  31.46 
 
 		 217 aa  96.3  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  29.91 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  28.11 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  28.11 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  24.9 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  71.74 
 
 		 56 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  28.57 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  22.36 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  20.85 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  24.72 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.48 
 
 		 256 aa  45.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  19.64 
 
 		 260 aa  46.2  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  24.66 
 
 		 243 aa  45.4  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0898  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  22.54 
 
 		 234 aa  43.1  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>