More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2230 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1829  acriflavin resistance protein  54.4 
 
 		 1085 aa  1119    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00817457  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1829  acriflavin resistance protein  53.69 
 
 		 1086 aa  1134    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0794172  normal  0.266022 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1924  AcrB/AcrD/AcrF family protein  54.89 
 
 		 1091 aa  1118    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2821  acriflavin resistance protein  52.6 
 
 		 1087 aa  1099    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000195255  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1637  acriflavin resistance protein  43.36 
 
 		 1173 aa  932    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2529  acriflavin resistance protein  38.52 
 
 		 1213 aa  661    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01076  AcrB/AcrD/AcrF family protein  56.18 
 
 		 1122 aa  1259    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1648  acriflavin resistance protein  53.5 
 
 		 1082 aa  1122    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2276  acriflavin resistance protein  53.6 
 
 		 1083 aa  1114    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.440839  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2193  acriflavin resistance protein  52.8 
 
 		 1095 aa  1107    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2522  acriflavin resistance protein  54.11 
 
 		 1085 aa  1119    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1780  acriflavin resistance protein  53.41 
 
 		 1102 aa  1138    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2230  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1156 aa  2331    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00323  RND superfamily protein  40.88 
 
 		 1166 aa  766    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1628  acriflavin resistance protein  54.17 
 
 		 1087 aa  1124    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1703  acriflavin resistance protein  54.17 
 
 		 1087 aa  1118    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2382  acriflavin resistance protein  54.06 
 
 		 1083 aa  1134    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2515  acriflavin resistance protein  54.11 
 
 		 1085 aa  1117    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0795793  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1703  acriflavin resistance protein  54.08 
 
 		 1087 aa  1124    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2635  acriflavin resistance protein  54.2 
 
 		 1085 aa  1120    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1420  AcrB/AcrD/AcrF family protein  53.48 
 
 		 1081 aa  1105    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  27.91 
 
 		 1095 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  40.99 
 
 		 1050 aa  409  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  42.38 
 
 		 1011 aa  397  1e-109  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  40.31 
 
 		 1034 aa  388  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  39.12 
 
 		 1040 aa  383  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  40 
 
 		 1044 aa  379  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  38.42 
 
 		 1043 aa  369  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5504  acriflavin resistance protein  27.22 
 
 		 1146 aa  370  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.39476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  26.11 
 
 		 1143 aa  366  1e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  39.33 
 
 		 1017 aa  360  9e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  40 
 
 		 1043 aa  357  5e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  26.11 
 
 		 1191 aa  357  5.999999999999999e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  38.59 
 
 		 1044 aa  355  4e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  39.36 
 
 		 1046 aa  352  2e-95  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2827  acriflavin resistance protein  36.41 
 
 		 1041 aa  345  2e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1477  acriflavin resistance protein  28.09 
 
 		 1124 aa  343  1e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.415294  normal  0.236417 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2513  cation/multidrug efflux pump  25.82 
 
 		 1134 aa  338  2.9999999999999997e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.422561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1732  acriflavin resistance protein  39.88 
 
 		 1027 aa  337  7e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2523  acriflavin resistance protein  37.94 
 
 		 1026 aa  336  2e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199891 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2359  acriflavin resistance protein  37.69 
 
 		 1028 aa  335  4e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.995142  normal  0.101465 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1937  acriflavin resistance protein  36.83 
 
 		 1034 aa  334  6e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.256217  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1025  acriflavin resistance protein  37.62 
 
 		 1050 aa  333  1e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0652  acriflavin resistance protein  36.36 
 
 		 1027 aa  332  2e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.653108  normal  0.0388492 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2109  acriflavin resistance protein  36.94 
 
 		 1044 aa  332  3e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1350  acriflavin resistance protein  38.39 
 
 		 1024 aa  331  5.0000000000000004e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0568344 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5876  acriflavin resistance protein  25.87 
 
 		 1082 aa  330  9e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0898662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3179  acriflavin resistance protein  36.59 
 
 		 1023 aa  328  5e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000434633  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1907  acriflavin resistance protein  34.24 
 
 		 1038 aa  325  4e-87  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2295  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  26.14 
 
 		 1122 aa  320  1e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6522  acriflavin resistance protein  26.28 
 
 		 1078 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.658721  normal  0.0251174 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2381  acriflavin resistance protein D  35.38 
 
 		 1092 aa  311  6.999999999999999e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.422424  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1160  acriflavin resistance protein  24.63 
 
 		 1086 aa  307  6e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.561236 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0949  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  23.68 
 
 		 1066 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0472  acriflavin resistance protein  27.83 
 
 		 1138 aa  306  1.0000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.342663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  33.66 
 
 		 1038 aa  305  3.0000000000000004e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2096  acriflavin resistance protein  26.71 
 
 		 1072 aa  303  9e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  33.09 
 
 		 1055 aa  303  9e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1966  acriflavin resistance protein  26.47 
 
 		 1072 aa  301  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.882579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  28.23 
 
 		 1058 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0645  acriflavin resistance protein  39.8 
 
 		 1021 aa  294  6e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0190397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  32.08 
 
 		 1470 aa  294  8e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0835  acriflavin resistance protein  35.38 
 
 		 1042 aa  293  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.181435  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0882  acriflavin resistance protein  34.46 
 
 		 1057 aa  292  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0712  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  25.77 
 
 		 1057 aa  292  3e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  31.25 
 
 		 1496 aa  290  9e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  30.27 
 
 		 1032 aa  290  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0960  acriflavin resistance protein  32.83 
 
 		 1047 aa  288  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0226  acriflavin resistance protein  23.81 
 
 		 1087 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.959643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  32.24 
 
 		 1039 aa  284  6.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  33.78 
 
 		 1030 aa  283  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1907  acriflavin resistance protein  31.61 
 
 		 1051 aa  283  2e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0495674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  30.86 
 
 		 1041 aa  282  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  33.59 
 
 		 1031 aa  281  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  31.08 
 
 		 1028 aa  281  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  32.39 
 
 		 1048 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  30.27 
 
 		 1036 aa  278  6e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02671  RND family multidrug efflux transporter  25.72 
 
 		 1145 aa  277  9e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.440659 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  34.31 
 
 		 1035 aa  277  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3467  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  24.26 
 
 		 1040 aa  276  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.379499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1419  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.4 
 
 		 1019 aa  275  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.446935 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  31.29 
 
 		 1029 aa  275  4.0000000000000004e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2783  acriflavin resistance protein  32.81 
 
 		 1045 aa  275  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0544081  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.28 
 
 		 1049 aa  274  6e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2302  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  25.59 
 
 		 1140 aa  273  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.875281  normal  0.219431 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1183  acriflavin resistance protein  32.81 
 
 		 1038 aa  273  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.317348  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  33.59 
 
 		 1042 aa  272  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.82 
 
 		 1031 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  32.82 
 
 		 1034 aa  271  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  32.41 
 
 		 1046 aa  271  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2317  acriflavin resistance protein  34.63 
 
 		 1029 aa  271  7e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.259725 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0122  acriflavin resistance protein  33.27 
 
 		 1073 aa  270  1e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00495446  hitchhiker  0.00000000019698 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1828  acriflavin resistance protein  31.78 
 
 		 1025 aa  270  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0227595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  29.87 
 
 		 1062 aa  270  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3955  acriflavin resistance protein  30.23 
 
 		 1075 aa  269  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.542775  normal  0.203686 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  32.05 
 
 		 1031 aa  268  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0917  acriflavin resistance protein  34.25 
 
 		 1054 aa  268  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  31.71 
 
 		 1037 aa  268  5e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  32.05 
 
 		 1031 aa  268  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  32.05 
 
 		 1031 aa  268  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>