More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1852 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4296  acriflavin resistance protein  35.94 
 
 
1034 aa  652    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0155758  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  37.18 
 
 
1036 aa  647    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  37.09 
 
 
1032 aa  654    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1047 aa  910    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0365  acriflavin resistance protein  40.08 
 
 
1037 aa  740    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2815  acriflavin resistance protein  38.84 
 
 
1051 aa  711    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.874616  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  59.37 
 
 
1035 aa  1209    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.61 
 
 
1024 aa  892    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0778  acriflavin resistance protein  39.71 
 
 
1040 aa  674    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21707  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  48.46 
 
 
1038 aa  904    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1042 aa  2093    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3926  AcrB/AcrD/AcrF family protein  56.73 
 
 
1029 aa  1127    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0277  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  40.8 
 
 
1043 aa  708    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0517386  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0342  acriflavin resistance protein  40.1 
 
 
1050 aa  692    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.467499  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  46.43 
 
 
1033 aa  902    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  83.61 
 
 
1031 aa  1771    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.62 
 
 
1046 aa  902    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  37.43 
 
 
1017 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  48.74 
 
 
1037 aa  949    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  48.31 
 
 
1042 aa  910    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 
1029 aa  801    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2033  acriflavin resistance protein  39.73 
 
 
1044 aa  706    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  89.3 
 
 
1031 aa  1882    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  37.54 
 
 
1057 aa  670    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  51.74 
 
 
1048 aa  1023    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0704  acriflavin resistance protein  61.09 
 
 
1038 aa  1216    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1366  acriflavin resistance protein  48.55 
 
 
1035 aa  942    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0602713  hitchhiker  0.00132005 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  40.29 
 
 
1064 aa  747    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3203  acriflavin resistance protein  52.22 
 
 
1041 aa  1011    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  36.99 
 
 
1009 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2223  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux pump  39.05 
 
 
1048 aa  644    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445176  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1816  acriflavin resistance protein  44.2 
 
 
1023 aa  821    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.742902  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0306  RND efflux transporter  38.6 
 
 
1044 aa  674    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01921  acriflavin resistance protein  52.89 
 
 
1041 aa  1006    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413816  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5136  acriflavin resistance protein  39.01 
 
 
1029 aa  670    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1267  acriflavin resistance protein  48.69 
 
 
1035 aa  935    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0368024  hitchhiker  0.0000615461 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1020  acriflavin resistance protein  39.04 
 
 
1037 aa  703    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.00000109455  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3736  acriflavin resistance protein  37.42 
 
 
1036 aa  669    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.504437  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  88.75 
 
 
1034 aa  1877    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  53.14 
 
 
1028 aa  1087    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1200  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1047 aa  910    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.994972  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3361  acriflavin resistance protein  41.93 
 
 
1048 aa  733    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.629992 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2270  acriflavin resistance protein  38.89 
 
 
1049 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446759  normal  0.133949 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2094  acriflavin resistance protein  44.96 
 
 
1037 aa  874    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3080  acriflavin resistance protein  46.88 
 
 
1045 aa  892    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.907454  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  87.86 
 
 
1030 aa  1862    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  82.3 
 
 
1034 aa  1761    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0291  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  40.8 
 
 
1043 aa  706    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2173  acriflavin resistance protein  37.75 
 
 
1029 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.310659  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004021  RND multidrug efflux transporter  48.35 
 
 
1037 aa  943    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  84.38 
 
 
1031 aa  1783    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  84.38 
 
 
1031 aa  1784    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3314  acriflavin resistance protein  47.62 
 
 
1047 aa  908    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.378933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  40.85 
 
 
1051 aa  747    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1047 aa  909    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  82.83 
 
 
1031 aa  1714    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  36.5 
 
 
1034 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2321  acriflavin resistance protein  54.12 
 
 
1052 aa  1063    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0273304 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2556  acriflavin resistance protein  39.38 
 
 
1051 aa  708    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1439  acriflavin resistance protein  58.87 
 
 
1035 aa  1209    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100841  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2699  acriflavin resistance protein  37.55 
 
 
1029 aa  640    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.984927  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  61.25 
 
 
1046 aa  1310    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1234  RND efflux transporter  35.73 
 
 
1019 aa  640    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  57.68 
 
 
1036 aa  1166    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0945  acriflavin resistance protein  35.85 
 
 
1040 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000402917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2796  acriflavin resistance protein  40.39 
 
 
1040 aa  702    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  38.2 
 
 
1026 aa  706    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2658  multidrug efflux membrane fusion protein  37.09 
 
 
1030 aa  678    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  84 
 
 
1031 aa  1768    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.52 
 
 
1068 aa  787    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1051 aa  906    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  85.26 
 
 
1031 aa  1808    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  47.52 
 
 
1046 aa  906    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  47.62 
 
 
1051 aa  904    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  85.26 
 
 
1031 aa  1808    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  44.6 
 
 
1022 aa  871    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  48.32 
 
 
1036 aa  944    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  48.55 
 
 
1036 aa  936    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  49.08 
 
 
1034 aa  961    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  50.44 
 
 
1040 aa  989    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1193  acriflavin resistance plasma membrane protein  35.53 
 
 
1019 aa  639    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  84.58 
 
 
1031 aa  1788    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  43.94 
 
 
1024 aa  815    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56890  multidrug efflux protein  38.23 
 
 
1018 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2940  acriflavin resistance protein  37.49 
 
 
1032 aa  668    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00284054  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  84.48 
 
 
1031 aa  1787    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1968  acriflavin resistance protein  42.41 
 
 
1025 aa  748    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1051 aa  906    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  85.26 
 
 
1031 aa  1805    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3207  acriflavin resistance protein  37.78 
 
 
1037 aa  707    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0543905  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0899  acriflavin resistance protein  39.03 
 
 
1048 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1155  acriflavin resistance protein  48.22 
 
 
1036 aa  920    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00884759  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0767  acriflavin resistance plasma membrane protein  35.17 
 
 
1022 aa  634  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.450822  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1088  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  37.13 
 
 
1029 aa  634  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0786  hypothetical protein  36.2 
 
 
1015 aa  633  1e-180  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0757  hypothetical protein  36.3 
 
 
1015 aa  635  1e-180  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5577  acriflavin resistance protein  37.54 
 
 
1037 aa  634  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.500475 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0974  multidrug efflux protein  37.33 
 
 
1014 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543426  normal  0.0386559 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3649  acriflavin resistance protein  36.6 
 
 
1035 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0871  acriflavin resistance plasma membrane protein  34.63 
 
 
1012 aa  633  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>