More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4004 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  65.61 
 
 		 1496 aa  1966    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  40.75 
 
 		 1028 aa  692    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  44.15 
 
 		 1071 aa  878    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1470 aa  2947    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  71.92 
 
 		 1041 aa  1536    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  40.25 
 
 		 1028 aa  698    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0248  acriflavin resistance protein  41.3 
 
 		 1054 aa  747    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  36.73 
 
 		 1050 aa  697    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0226  acriflavin resistance protein  41.11 
 
 		 1054 aa  734    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.38584  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2601  acriflavin resistance protein  42.31 
 
 		 1066 aa  807    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0238  acriflavin resistance protein  42.23 
 
 		 1067 aa  748    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  42.18 
 
 		 1095 aa  857    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  69.45 
 
 		 1032 aa  1505    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  44.26 
 
 		 1038 aa  795    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0237  acriflavin resistance protein  41.2 
 
 		 1054 aa  745    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6179  acriflavin resistance protein  41.79 
 
 		 1065 aa  812    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  43.55 
 
 		 1069 aa  838    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  71.4 
 
 		 1036 aa  1491    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  59.33 
 
 		 1039 aa  1197    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  43.69 
 
 		 1055 aa  755    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  42.84 
 
 		 1070 aa  850    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0160  acriflavin resistance protein  42.98 
 
 		 1033 aa  795    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3955  acriflavin resistance protein  43.11 
 
 		 1075 aa  823    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.542775  normal  0.203686 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  39.76 
 
 		 1028 aa  669    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1476  acriflavin resistance protein  39.94 
 
 		 1028 aa  633  1e-180  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30053  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  36.16 
 
 		 1062 aa  633  1e-180  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0960  acriflavin resistance protein  38.05 
 
 		 1047 aa  625  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3471  acriflavin resistance protein  36.81 
 
 		 1033 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0282385  normal  0.0800862 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4543  acriflavin resistance protein  36.81 
 
 		 1033 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.266065 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  34.8 
 
 		 1011 aa  616  1e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  34.81 
 
 		 1044 aa  615  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0122  acriflavin resistance protein  36.01 
 
 		 1073 aa  615  9.999999999999999e-175  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00495446  hitchhiker  0.00000000019698 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1034 aa  613  9.999999999999999e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3373  acriflavin resistance protein  35.94 
 
 		 1031 aa  613  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.306386  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4023  acriflavin resistance protein  35.94 
 
 		 1031 aa  615  9.999999999999999e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  33.49 
 
 		 1044 aa  610  1e-173  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  36.84 
 
 		 1405 aa  608  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1183  acriflavin resistance protein  39.76 
 
 		 1038 aa  604  1.0000000000000001e-171  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.317348  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2410  acriflavin resistance protein  33.71 
 
 		 1036 aa  600  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.904497  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2137  putative transporter lipoprotein transmembrane  35.71 
 
 		 1028 aa  601  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  34.16 
 
 		 1058 aa  598  1e-169  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2783  acriflavin resistance protein  39.51 
 
 		 1045 aa  598  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0544081  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  33.88 
 
 		 1034 aa  593  1e-167  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  35.29 
 
 		 1029 aa  593  1e-167  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  35.36 
 
 		 1024 aa  588  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2688  acriflavin resistance protein  39.51 
 
 		 1044 aa  588  1e-166  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.405984  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4104  acriflavin resistance protein  33.96 
 
 		 1031 aa  589  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3964  acriflavin resistance protein  34.41 
 
 		 1035 aa  589  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000156628 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3902  acriflavin resistance protein  34.71 
 
 		 1044 aa  588  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.263563  normal  0.110043 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  34.66 
 
 		 1043 aa  583  1.0000000000000001e-165  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0211  acriflavin resistance protein  35.33 
 
 		 1026 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.824478 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2083  RND superfamily multidrug efflux system protein  34.35 
 
 		 1036 aa  578  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.334854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1989  acriflavin resistance protein  34.29 
 
 		 1031 aa  579  1.0000000000000001e-163  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2809  cation efflux protein  31.88 
 
 		 1050 aa  579  1.0000000000000001e-163  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.354726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  34.27 
 
 		 1022 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4164  acriflavin resistance protein  33.78 
 
 		 1040 aa  574  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0666932  normal  0.648782 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  33.91 
 
 		 1068 aa  573  1.0000000000000001e-162  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0979  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 		 1009 aa  570  1e-161  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.650548  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2399  acriflavin resistance protein  33.52 
 
 		 1032 aa  572  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.774253  normal  0.772443 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2378  acriflavin resistance protein  34.9 
 
 		 1044 aa  572  1e-161  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.856569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.53 
 
 		 1049 aa  567  1e-160  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  33.14 
 
 		 1053 aa  568  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  32.85 
 
 		 1041 aa  567  1e-160  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2664  acriflavin resistance protein  32.12 
 
 		 1039 aa  569  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4664  acriflavin resistance protein  35.68 
 
 		 1025 aa  567  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1148  acriflavin resistance protein  35 
 
 		 1048 aa  565  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.356784  normal  0.75467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  33.21 
 
 		 1063 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  34.35 
 
 		 1064 aa  566  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1383  acriflavin resistance protein  32.71 
 
 		 1014 aa  565  1.0000000000000001e-159  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000121579  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0971  NolG efflux transporter  33.49 
 
 		 1036 aa  560  1e-158  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  34.91 
 
 		 1042 aa  563  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  33.97 
 
 		 1051 aa  562  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  32.47 
 
 		 1043 aa  560  1e-158  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2802  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1042 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749449  normal  0.186131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0459  acriflavin resistance protein  33.49 
 
 		 1027 aa  558  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0354  acriflavin resistance protein  33.9 
 
 		 1101 aa  557  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00649102  unclonable  0.0000000737583 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1045  acriflavin resistance protein  33.74 
 
 		 1046 aa  556  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.061236  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  32.86 
 
 		 1048 aa  556  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1907  acriflavin resistance protein  33.94 
 
 		 1051 aa  556  1e-156  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0495674  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  35.38 
 
 		 1088 aa  556  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  35.28 
 
 		 1088 aa  554  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  34.15 
 
 		 1088 aa  556  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4303  acriflavin resistance protein  33.63 
 
 		 1177 aa  551  1e-155  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.763591  normal  0.628382 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1058 aa  553  1e-155  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4170  acriflavin resistance protein  33.54 
 
 		 1171 aa  552  1e-155  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00460578  normal  0.0104573 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  34.91 
 
 		 1024 aa  552  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  34.15 
 
 		 1017 aa  550  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2354  acriflavin resistance protein  33.65 
 
 		 1027 aa  551  1e-155  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1268  acriflavin resistance protein  31.93 
 
 		 1058 aa  548  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0063  acriflavin resistance protein  32.85 
 
 		 1033 aa  546  1e-154  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1816  acriflavin resistance protein  34.89 
 
 		 1023 aa  548  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.742902  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.33 
 
 		 1024 aa  545  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1667  acriflavin resistance protein  34.59 
 
 		 1037 aa  545  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29656  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3717  acriflavin resistance protein  31.06 
 
 		 1055 aa  540  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.530646  normal  0.0294121 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1440  resistance-nodulation-cell division family transporter  33.66 
 
 		 1013 aa  542  9.999999999999999e-153  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2371  acriflavin resistance protein  31.52 
 
 		 1035 aa  541  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.916635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1968  acriflavin resistance protein  34.73 
 
 		 1025 aa  540  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1020  acriflavin resistance protein  31.94 
 
 		 1037 aa  543  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.00000109455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3889  acriflavin resistance protein  34.01 
 
 		 1018 aa  543  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0552128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2374  acriflavin resistance protein  31.84 
 
 		 1034 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>