More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3231 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.51 
 
 		 290 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  77.08 
 
 		 292 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 290 aa  431  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  70.88 
 
 		 296 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 296 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 296 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 299 aa  420  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  59.78 
 
 		 290 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  59.78 
 
 		 290 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  54.17 
 
 		 294 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  55.72 
 
 		 291 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  48.96 
 
 		 288 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 289 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  44.57 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  45.52 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  45.52 
 
 		 294 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.06 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 386 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 295 aa  126  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 300 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 281 aa  119  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.2 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.95 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.62 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 322 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>