More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1237 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  100 
 
 		 227 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  66.48 
 
 		 242 aa  228  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  57.02 
 
 		 252 aa  228  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  64.37 
 
 		 227 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1425  GGDEF domain-containing protein  55.46 
 
 		 247 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4653  diguanylate cyclase  56.6 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 239 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 254 aa  124  8.000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 428 aa  119  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.44 
 
 		 994 aa  118  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.78 
 
 		 587 aa  111  8.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0655  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 263 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.95 
 
 		 808 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1675  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 528 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.46 
 
 		 975 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.21 
 
 		 469 aa  108  7.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  36.63 
 
 		 591 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.18 
 
 		 803 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.76 
 
 		 817 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  40.91 
 
 		 1057 aa  106  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.16 
 
 		 754 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  38.89 
 
 		 820 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.69 
 
 		 820 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.85 
 
 		 792 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 459 aa  103  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.85 
 
 		 625 aa  102  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 729 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 893 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 893 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.57 
 
 		 696 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  40.76 
 
 		 1105 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.43 
 
 		 925 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 730 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4523  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 399 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114375  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1631  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.51 
 
 		 561 aa  101  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.608678  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 451 aa  101  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.72 
 
 		 407 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  40.13 
 
 		 1120 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 		 805 aa  101  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  34.52 
 
 		 1105 aa  101  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  40 
 
 		 818 aa  101  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  37.58 
 
 		 818 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.98 
 
 		 637 aa  101  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  34.52 
 
 		 1105 aa  101  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.7374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  34.52 
 
 		 1105 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.52 
 
 		 1105 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.02 
 
 		 614 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  34.52 
 
 		 1105 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  34.52 
 
 		 1105 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  37.01 
 
 		 820 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  34.52 
 
 		 1105 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  37.58 
 
 		 823 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.2 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.67 
 
 		 1000 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  36.17 
 
 		 570 aa  100  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  42.48 
 
 		 800 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 354 aa  99.8  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.22 
 
 		 928 aa  99.8  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  34.52 
 
 		 1117 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 625 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 324 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 324 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.79 
 
 		 818 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 408 aa  99.4  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 461 aa  99.4  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  37.43 
 
 		 973 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.28 
 
 		 818 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.22 
 
 		 811 aa  99.4  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 625 aa  99  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 		 1486 aa  99  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 768 aa  99  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 625 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 536 aa  98.6  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.76 
 
 		 1212 aa  98.6  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 638 aa  98.6  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0524  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 285 aa  98.6  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.87 
 
 		 863 aa  98.6  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  33.93 
 
 		 998 aa  98.2  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 317 aa  98.2  8e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 432 aa  98.2  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 317 aa  98.2  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0221  GGDEF domain-containing protein  38.65 
 
 		 710 aa  98.2  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 320 aa  98.2  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 317 aa  98.2  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.21 
 
 		 818 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  38.65 
 
 		 523 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.16 
 
 		 1508 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 624 aa  97.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 1015 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.51 
 
 		 820 aa  98.2  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 757 aa  97.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3061  GGDEF domain-containing protein  34.08 
 
 		 469 aa  97.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.16 
 
 		 1508 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  37.58 
 
 		 998 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 347 aa  97.1  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>