More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0097 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
244 aa  501  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  63.33 
 
 
268 aa  337  9e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  47.83 
 
 
238 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  43.97 
 
 
242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
240 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  36.28 
 
 
236 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  33.18 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  31.39 
 
 
241 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
242 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  36.96 
 
 
233 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  30.49 
 
 
241 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  29.73 
 
 
251 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
260 aa  95.1  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  33.33 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  34.92 
 
 
254 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  29.52 
 
 
246 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
242 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  34.03 
 
 
253 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
248 aa  90.1  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
321 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  33.86 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
243 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  32.06 
 
 
243 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
242 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
247 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  27.59 
 
 
235 aa  82  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  32.8 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  33.16 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  26.72 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  26.72 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  31.72 
 
 
275 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
235 aa  77  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
234 aa  76.6  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
241 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  32.86 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  25.31 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.95 
 
 
307 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  26.7 
 
 
245 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  29.72 
 
 
213 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
241 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  30.96 
 
 
233 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  23.85 
 
 
245 aa  72.4  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
246 aa  72  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  31.89 
 
 
237 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  26.82 
 
 
237 aa  71.2  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  29.89 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  29.89 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  23.85 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
262 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.26 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  29.58 
 
 
248 aa  68.6  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
245 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28 
 
 
236 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  28 
 
 
234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 
234 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  28.72 
 
 
243 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
245 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
245 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28 
 
 
234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  31.35 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  28.57 
 
 
246 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  28.57 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  31.2 
 
 
301 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.87 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
239 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
247 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  26.73 
 
 
247 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
247 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
247 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
245 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  28.32 
 
 
251 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>