More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_0399 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  35.03 
 
 		 1148 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  35.17 
 
 		 1164 aa  679    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  35.08 
 
 		 1148 aa  694    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 		 1157 aa  649    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 		 1122 aa  653    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1155 aa  684    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  41.04 
 
 		 1169 aa  923    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1196 aa  848    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 		 1166 aa  650    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  45.37 
 
 		 1176 aa  1016    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1229 aa  645    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  43.43 
 
 		 1165 aa  924    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1164 aa  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1150 aa  645    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  45.19 
 
 		 1176 aa  1013    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  45.19 
 
 		 1178 aa  1013    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  45.28 
 
 		 1176 aa  1015    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  41.82 
 
 		 1165 aa  891    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1153 aa  684    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1153 aa  684    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1150 aa  645    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  41.9 
 
 		 1168 aa  914    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1147 aa  656    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1210 aa  655    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.43 
 
 		 1167 aa  645    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  36.87 
 
 		 1157 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1148 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1148 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1188 aa  657    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1157 aa  662    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  44.58 
 
 		 1176 aa  999    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1149 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1161 aa  711    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  35.53 
 
 		 1151 aa  649    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1155 aa  666    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  34.01 
 
 		 1192 aa  637    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.33 
 
 		 1169 aa  840    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  33.94 
 
 		 1192 aa  643    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1162 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.71 
 
 		 1207 aa  723    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1265 aa  721    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  45.19 
 
 		 1176 aa  1013    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  41.09 
 
 		 1179 aa  810    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1153 aa  671    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1153 aa  667    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 		 1246 aa  731    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1183 aa  815    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  35.38 
 
 		 1148 aa  678    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  35.69 
 
 		 1157 aa  654    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1208 aa  641    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1148 aa  677    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.78 
 
 		 1153 aa  662    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1148 aa  678    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1164 aa  679    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1157 aa  668    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1157 aa  699    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 		 1150 aa  650    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1160 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.09 
 
 		 1176 aa  645    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1159 aa  694    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  36.05 
 
 		 1182 aa  690    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  41.9 
 
 		 1168 aa  914    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1148 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1148 aa  677    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1162 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  41.05 
 
 		 1178 aa  838    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.67 
 
 		 1167 aa  649    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1148 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1162 aa  830    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  40.93 
 
 		 1162 aa  827    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1143 aa  678    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1180 aa  654    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1160 aa  646    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 		 1160 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1176 aa  800    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1178 aa  659    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1073 aa  706    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1148 aa  722    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  35.08 
 
 		 1148 aa  675    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1137 aa  665    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  44.6 
 
 		 1162 aa  1001    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  51.39 
 
 		 1188 aa  1220    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  46.17 
 
 		 1165 aa  1041    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1179 aa  2419    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  42.13 
 
 		 1168 aa  932    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  35.96 
 
 		 1148 aa  681    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  45.37 
 
 		 1176 aa  1016    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  35.71 
 
 		 1189 aa  678    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1198 aa  677    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 		 1160 aa  651    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  45.54 
 
 		 1176 aa  1023    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1148 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  48.76 
 
 		 1179 aa  1140    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1154 aa  646    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1188 aa  639    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  33.39 
 
 		 1169 aa  652    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.71 
 
 		 1165 aa  654    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1163 aa  671    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 		 1157 aa  652    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>