More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0640 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
238 aa  478  1e-134  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  61.19 
 
 
241 aa  270  2e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  54.11 
 
 
238 aa  247  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.72 
 
 
247 aa  245  4e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.47 
 
 
283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.62 
 
 
277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 
250 aa  156  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.86 
 
 
295 aa  153  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  37.34 
 
 
259 aa  151  1e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  38.16 
 
 
236 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  36.84 
 
 
254 aa  148  7e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.88 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  37.83 
 
 
228 aa  145  6e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.65 
 
 
226 aa  142  6e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  38.01 
 
 
237 aa  135  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.21 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.32 
 
 
262 aa  125  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  34.01 
 
 
574 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.13 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  34.34 
 
 
574 aa  68.9  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  34.34 
 
 
1464 aa  68.2  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  27.03 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.49 
 
 
258 aa  66.2  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  34.74 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  30.57 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  32.11 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  30.84 
 
 
1444 aa  65.1  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.7 
 
 
228 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.85 
 
 
236 aa  65.1  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.65 
 
 
243 aa  64.3  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  31.69 
 
 
245 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  31.64 
 
 
231 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.55 
 
 
270 aa  63.2  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 
1468 aa  62.8  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.16 
 
 
226 aa  62.8  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.68 
 
 
605 aa  63.2  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.61 
 
 
578 aa  62.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  28.57 
 
 
283 aa  62.8  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32.37 
 
 
242 aa  61.6  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.32 
 
 
229 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.49 
 
 
237 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  29.79 
 
 
234 aa  60.8  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.77 
 
 
595 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  31.32 
 
 
229 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  32.11 
 
 
215 aa  60.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  29.79 
 
 
234 aa  60.8  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
243 aa  60.1  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
269 aa  60.1  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 
236 aa  59.7  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 
237 aa  59.7  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 
230 aa  58.9  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.35 
 
 
231 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.51 
 
 
328 aa  58.9  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 
257 aa  58.9  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  34.97 
 
 
560 aa  58.5  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.02 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  36.21 
 
 
590 aa  58.2  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.61 
 
 
225 aa  58.2  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.95 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 
235 aa  58.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 
498 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  31.25 
 
 
1476 aa  57.8  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.63 
 
 
308 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04615  putative DNA polymerase III alpha subunit  31.18 
 
 
1454 aa  57.4  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.04 
 
 
570 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
280 aa  57.4  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.95 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.95 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.72 
 
 
232 aa  56.6  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.99 
 
 
240 aa  57  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.22 
 
 
240 aa  57  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
237 aa  56.6  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.27 
 
 
954 aa  56.6  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  30.77 
 
 
259 aa  56.2  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.82 
 
 
235 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  31.95 
 
 
249 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 
201 aa  56.2  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 
239 aa  56.2  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.68 
 
 
551 aa  55.8  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
231 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.05 
 
 
231 aa  55.8  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 
237 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 
237 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.37 
 
 
253 aa  55.5  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
565 aa  55.5  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.43 
 
 
234 aa  55.1  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
242 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.72 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 
244 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.98 
 
 
242 aa  55.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.27 
 
 
530 aa  54.7  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.2 
 
 
209 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  30.18 
 
 
244 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.96 
 
 
609 aa  54.7  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>