107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2784 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 		 446 aa  902    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  59.4 
 
 		 497 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  59.86 
 
 		 494 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  58.7 
 
 		 508 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  57.41 
 
 		 490 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  56.64 
 
 		 480 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  57.44 
 
 		 496 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  56.64 
 
 		 520 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  56.64 
 
 		 480 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  58 
 
 		 475 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  56.64 
 
 		 480 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  56.02 
 
 		 499 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  56.02 
 
 		 499 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  56.02 
 
 		 479 aa  458  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  56.02 
 
 		 505 aa  458  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  56.02 
 
 		 479 aa  458  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  56.02 
 
 		 505 aa  458  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  55.79 
 
 		 723 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  53.1 
 
 		 450 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  54.52 
 
 		 451 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  54.64 
 
 		 450 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  52.87 
 
 		 446 aa  422  1e-117  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  51.74 
 
 		 444 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  44.37 
 
 		 441 aa  353  4e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  39.46 
 
 		 445 aa  303  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.62 
 
 		 445 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  38.5 
 
 		 459 aa  298  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39 
 
 		 445 aa  290  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39 
 
 		 445 aa  290  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  38.79 
 
 		 451 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  37.85 
 
 		 451 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.42 
 
 		 456 aa  279  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.82 
 
 		 456 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.78 
 
 		 451 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.63 
 
 		 459 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  35.71 
 
 		 445 aa  259  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.16 
 
 		 447 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.15 
 
 		 470 aa  250  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  34.22 
 
 		 460 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.65 
 
 		 433 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.64 
 
 		 459 aa  239  5.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.42 
 
 		 457 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.88 
 
 		 446 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.75 
 
 		 433 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.49 
 
 		 464 aa  217  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.73 
 
 		 446 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.44 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.87 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.58 
 
 		 454 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.48 
 
 		 320 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.66 
 
 		 333 aa  54.7  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.66 
 
 		 453 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.13 
 
 		 308 aa  53.9  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.23 
 
 		 315 aa  52.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0585  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.78 
 
 		 341 aa  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.73 
 
 		 337 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.21 
 
 		 317 aa  50.8  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  27.96 
 
 		 316 aa  50.4  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 		 344 aa  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.69 
 
 		 329 aa  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.31 
 
 		 318 aa  50.1  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.42 
 
 		 329 aa  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1145  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  22.76 
 
 		 396 aa  49.7  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.97631  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.37 
 
 		 327 aa  49.7  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  26.7 
 
 		 324 aa  49.3  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.91 
 
 		 322 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.42 
 
 		 319 aa  49.7  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.4 
 
 		 480 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  26.8 
 
 		 325 aa  49.3  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 		 317 aa  48.9  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  26.42 
 
 		 310 aa  48.5  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  25.81 
 
 		 328 aa  48.5  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.73 
 
 		 317 aa  47.8  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  26.85 
 
 		 313 aa  47.8  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  26.8 
 
 		 326 aa  47.4  0.0005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  26.12 
 
 		 312 aa  47  0.0006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.35 
 
 		 310 aa  47  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 327 aa  47  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  24.94 
 
 		 453 aa  47  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.89 
 
 		 323 aa  47  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.14 
 
 		 346 aa  47  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  31.37 
 
 		 367 aa  46.6  0.0009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.98 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  30.18 
 
 		 350 aa  46.2  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  31.37 
 
 		 367 aa  46.6  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 		 306 aa  46.2  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.16 
 
 		 349 aa  46.2  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.14 
 
 		 335 aa  45.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.28 
 
 		 338 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.11 
 
 		 376 aa  45.8  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.5 
 
 		 342 aa  45.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.79 
 
 		 323 aa  45.1  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.1 
 
 		 316 aa  44.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  29.86 
 
 		 363 aa  45.1  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  26.53 
 
 		 322 aa  44.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.53 
 
 		 324 aa  44.3  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.25 
 
 		 308 aa  44.3  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.27 
 
 		 307 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.38 
 
 		 323 aa  43.9  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  26.53 
 
 		 322 aa  43.9  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>