89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0127 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 111 aa  222  2e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0227  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  41.94 
 
 		 410 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  45 
 
 		 227 aa  52  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 223 aa  49.7  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  48.15 
 
 		 270 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  40.58 
 
 		 399 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0885  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 83 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0625  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 108 aa  47.8  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000512612 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 222 aa  47  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  41.43 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1279  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.51475  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 79 aa  46.2  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 396 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 100 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  25 
 
 		 303 aa  44.7  0.0004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 195 aa  44.3  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3268  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 104 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 211 aa  44.7  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  29.79 
 
 		 216 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 72 aa  43.9  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 219 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  32.89 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.17 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  32.79 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  37.14 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  42.86 
 
 		 259 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  28.57 
 
 		 218 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2505  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.400727 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 197 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  30.77 
 
 		 302 aa  42.7  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  30 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  29.58 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 106 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 190 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 81 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 72 aa  42  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 197 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 229 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 206 aa  42  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 211 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 215 aa  41.6  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 211 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 504 aa  41.6  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04285  DNA-binding protein, putative  30.65 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 		 201 aa  41.2  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 192 aa  40.8  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 259 aa  40.8  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  35.94 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 102 aa  40.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 528 aa  40.8  0.007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 194 aa  40.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 503 aa  40.4  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.82 
 
 		 189 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 200 aa  40.4  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 163 aa  40.4  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 85 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 137 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 165 aa  40  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  29.17 
 
 		 80 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  31.75 
 
 		 308 aa  40  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>