76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1824 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 117 aa  235  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 83 aa  52.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0227  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.71 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  31.71 
 
 		 303 aa  46.2  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  31.71 
 
 		 302 aa  46.6  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 106 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  35.82 
 
 		 308 aa  46.2  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 76 aa  43.5  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 68 aa  42.7  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  37.84 
 
 		 101 aa  42.7  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0038  Helix-turn-helix domain protein  34.21 
 
 		 120 aa  42.7  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000109438  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 68 aa  42.7  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1266  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.119071 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  41.18 
 
 		 229 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  41.18 
 
 		 229 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1196  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.151247 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2925  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.33 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000036816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 116 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  46.34 
 
 		 243 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 83 aa  42  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1274  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 212 aa  42  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3360  DNA-binding protein  37.04 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.534769  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3368  DNA-binding protein  37.04 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00271776  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 390 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 130 aa  41.2  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5240  XRE family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5619  XRE family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173792  normal  0.0387834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2125  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 66 aa  40.8  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5678  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 90 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.669501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2079  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 186 aa  40.8  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0185194  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  34.55 
 
 		 312 aa  40.8  0.006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 76 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 79 aa  40.4  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 242 aa  40.4  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 84 aa  40.4  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 66 aa  40.8  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  28.79 
 
 		 94 aa  40.8  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 76 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  28.79 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  28.79 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1886  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  28.79 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  28.79 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03585  transcriptional regulator  33.72 
 
 		 206 aa  40.4  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 81 aa  40.4  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 92 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 68 aa  40.4  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1368  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 130 aa  40  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0112601  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 130 aa  40  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  32.58 
 
 		 223 aa  40  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 108 aa  40  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>