54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3635 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  168  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 85 aa  122  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 85 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  55.13 
 
 		 81 aa  82.4  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  52.05 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 80 aa  69.3  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 92 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  44.16 
 
 		 80 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  51.39 
 
 		 80 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.51 
 
 		 80 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 82 aa  59.7  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3825  hypothetical protein  68.42 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0684946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  52.63 
 
 		 84 aa  58.2  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 85 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 86 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 85 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 		 85 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 84 aa  46.2  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  38.89 
 
 		 102 aa  45.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 80 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 80 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 80 aa  44.7  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3955  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 84 aa  44.3  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 497 aa  43.5  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 68 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  43.14 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  37.93 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5908  helix-turn-helix domain protein  38.96 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.84632  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 83 aa  41.6  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 81 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  39.06 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1022  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 75 aa  42  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2581  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 271 aa  41.6  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.012514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0970  hypothetical protein  43.59 
 
 		 79 aa  41.2  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2163  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 710 aa  41.2  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 490 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4067  helix-turn-helix domain-containing protein  43.48 
 
 		 125 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.563451 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8538  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 321 aa  40.4  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000674281  hitchhiker  0.0000867328 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  37.68 
 
 		 399 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 73 aa  40.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>