123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_04285 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_04285  DNA-binding protein, putative  100 
 
 		 75 aa  152  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  39.34 
 
 		 196 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 198 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 528 aa  47.8  0.00005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 192 aa  47  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 201 aa  47  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.66 
 
 		 316 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 106 aa  47  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  33.33 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.93 
 
 		 309 aa  45.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 76 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  34.92 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 196 aa  44.7  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 232 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 203 aa  44.3  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 198 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 201 aa  44.7  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1649  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000457933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 134 aa  44.3  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 87 aa  44.3  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 261 aa  43.9  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  36.67 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  36.67 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 118 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 370 aa  43.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  34.92 
 
 		 180 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 333 aa  42.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 403 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 333 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 176 aa  42  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 403 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 211 aa  42.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 109 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 178 aa  41.6  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0908  XRE family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 121 aa  41.6  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  25.76 
 
 		 75 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 188 aa  42  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 229 aa  41.6  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1748  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 404 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 81 aa  41.2  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1153  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 1143 aa  41.2  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 204 aa  41.2  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  26.67 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 204 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 		 201 aa  41.2  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 208 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 199 aa  40.8  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  29.23 
 
 		 517 aa  40.8  0.006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 212 aa  40.8  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>