120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0908 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0908  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 121 aa  238  2e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4637  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1263  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 117 aa  50.8  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197496  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1431  helix-turn-helix domain protein  32.18 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 199 aa  47.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  38.57 
 
 		 133 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 210 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 133 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 204 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 203 aa  47.4  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 223 aa  47.4  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  28.46 
 
 		 175 aa  47  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3236  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  32.11 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 67 aa  46.2  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 124 aa  45.4  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1891  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 123 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  32.99 
 
 		 205 aa  45.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  37.14 
 
 		 133 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 84 aa  44.7  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1163  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  38.16 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  41.67 
 
 		 516 aa  43.9  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  36.07 
 
 		 207 aa  43.9  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 151 aa  43.9  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 189 aa  43.5  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 276 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 210 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  38.71 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 125 aa  42.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  38.18 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 187 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1649  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000457933  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 165 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 190 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 211 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  38.71 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 433 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 190 aa  42  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  39.66 
 
 		 194 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  38.71 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 195 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  29.91 
 
 		 217 aa  42  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  29.91 
 
 		 217 aa  42  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  29.91 
 
 		 217 aa  42  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.98 
 
 		 481 aa  41.6  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04285  DNA-binding protein, putative  28.17 
 
 		 75 aa  41.6  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 209 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 197 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 277 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 234 aa  41.6  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 189 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 112 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 513 aa  42  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2376  helix-turn-helix domain protein  40.62 
 
 		 282 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.683565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 113 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 114 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 207 aa  41.6  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0023  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.181624 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 196 aa  41.2  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  33.87 
 
 		 216 aa  41.2  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 186 aa  41.2  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 325 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2204  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000000112019  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3780  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 122 aa  41.2  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  37.1 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  39.34 
 
 		 347 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 176 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 490 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 218 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0866  helix-turn-helix domain-containing protein  32.41 
 
 		 147 aa  40.8  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.438105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 187 aa  40.8  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 101 aa  40.8  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 218 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 176 aa  40.4  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 210 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>