More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2337 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
521 aa  1070    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  50.1 
 
 
509 aa  488  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.03 
 
 
509 aa  472  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  48.18 
 
 
514 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.05 
 
 
703 aa  455  1e-127  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.09 
 
 
517 aa  449  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.99 
 
 
684 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  45.12 
 
 
518 aa  426  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
520 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
681 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
507 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  42.5 
 
 
518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.04 
 
 
508 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  41.85 
 
 
508 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.65 
 
 
508 aa  403  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  42.38 
 
 
508 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  39.96 
 
 
556 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.2 
 
 
693 aa  325  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.17 
 
 
488 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46.17 
 
 
488 aa  317  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
488 aa  315  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.86 
 
 
670 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.31 
 
 
723 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.49 
 
 
670 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  42.62 
 
 
670 aa  313  6.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  43.24 
 
 
668 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.24 
 
 
670 aa  311  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  43.24 
 
 
670 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.24 
 
 
648 aa  311  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.76 
 
 
488 aa  310  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  43 
 
 
670 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  46.72 
 
 
674 aa  310  5.9999999999999995e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.63 
 
 
635 aa  310  5.9999999999999995e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
486 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.31 
 
 
486 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
486 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.29 
 
 
875 aa  307  4.0000000000000004e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
486 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.31 
 
 
488 aa  306  6e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.15 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  42.52 
 
 
516 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  42.62 
 
 
733 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.68 
 
 
457 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.29 
 
 
724 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  41.71 
 
 
688 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.67 
 
 
806 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.5 
 
 
699 aa  303  5.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  46.72 
 
 
473 aa  302  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.67 
 
 
653 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.52 
 
 
510 aa  301  3e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.96 
 
 
525 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.2 
 
 
525 aa  300  6e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  45.38 
 
 
522 aa  299  7e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.77 
 
 
694 aa  299  8e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.99 
 
 
641 aa  299  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  45.4 
 
 
562 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.87 
 
 
664 aa  297  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  47.38 
 
 
607 aa  296  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  43.78 
 
 
690 aa  296  8e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  42.45 
 
 
699 aa  296  8e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.83 
 
 
692 aa  295  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.86 
 
 
1082 aa  295  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.09 
 
 
647 aa  295  2e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  44.83 
 
 
692 aa  294  3e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.83 
 
 
692 aa  294  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.83 
 
 
692 aa  294  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.83 
 
 
692 aa  294  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  44.83 
 
 
692 aa  294  3e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  44.83 
 
 
692 aa  294  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.66 
 
 
575 aa  293  4e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.83 
 
 
692 aa  293  5e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.58 
 
 
515 aa  293  5e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.03 
 
 
687 aa  293  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  47.59 
 
 
551 aa  292  9e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.91 
 
 
513 aa  292  1e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.03 
 
 
692 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.03 
 
 
692 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1470  NifA subfamily transcriptional regulator  48.89 
 
 
926 aa  292  1e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.94 
 
 
601 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.06 
 
 
474 aa  292  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.1 
 
 
648 aa  292  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.03 
 
 
692 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.03 
 
 
687 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  49.68 
 
 
551 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.56 
 
 
481 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  44.48 
 
 
699 aa  289  8e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  43.11 
 
 
484 aa  289  8e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
515 aa  289  9e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
700 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  46.72 
 
 
630 aa  287  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.86 
 
 
482 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.82 
 
 
474 aa  285  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  45.86 
 
 
641 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.59 
 
 
502 aa  285  1.0000000000000001e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.82 
 
 
461 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.63 
 
 
602 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.97 
 
 
541 aa  283  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  45.66 
 
 
639 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
346 aa  282  9e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  47.34 
 
 
379 aa  282  9e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>