More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4642 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 383 aa  778    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.95 
 
 		 371 aa  412  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.78 
 
 		 378 aa  382  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  53.48 
 
 		 381 aa  380  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.34 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  46.78 
 
 		 360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  42.82 
 
 		 368 aa  289  6e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 368 aa  284  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  41.78 
 
 		 362 aa  279  6e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.2 
 
 		 361 aa  279  6e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.91 
 
 		 390 aa  277  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.25 
 
 		 360 aa  277  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.55 
 
 		 393 aa  269  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  41.88 
 
 		 363 aa  265  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  41.53 
 
 		 360 aa  263  4.999999999999999e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.22 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41 
 
 		 393 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.45 
 
 		 363 aa  257  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  40.79 
 
 		 384 aa  256  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.87 
 
 		 363 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.71 
 
 		 376 aa  236  4e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  39.56 
 
 		 373 aa  235  9e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.87 
 
 		 389 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.15 
 
 		 397 aa  232  8.000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  36.07 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.01 
 
 		 398 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  40.43 
 
 		 405 aa  229  5e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.49 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.46 
 
 		 375 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  35.36 
 
 		 369 aa  222  7e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.87 
 
 		 373 aa  222  8e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.15 
 
 		 520 aa  218  1e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.41 
 
 		 379 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.21 
 
 		 391 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 422 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 378 aa  201  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.03 
 
 		 399 aa  200  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.6 
 
 		 380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  31.76 
 
 		 367 aa  189  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  36.06 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 378 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  33.84 
 
 		 414 aa  184  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  31.13 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.52 
 
 		 405 aa  176  4e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  32.71 
 
 		 385 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 391 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  32.73 
 
 		 412 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 441 aa  170  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 376 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  30.03 
 
 		 372 aa  169  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  32.34 
 
 		 375 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 415 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  30.63 
 
 		 417 aa  166  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  29.5 
 
 		 476 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 392 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2140  RND family efflux transporter MFP subunit  30.48 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  32.81 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.15 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 		 422 aa  164  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 		 412 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 407 aa  162  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 394 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 372 aa  162  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.320362 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  32.53 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  29.43 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 428 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.07 
 
 		 395 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 396 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 405 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  32.18 
 
 		 386 aa  160  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 378 aa  160  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  30.59 
 
 		 405 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 405 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 405 aa  159  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 416 aa  159  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 412 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.98 
 
 		 398 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 412 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  32.85 
 
 		 414 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 412 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  32.62 
 
 		 411 aa  157  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  32.62 
 
 		 411 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  30.85 
 
 		 406 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 400 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  32.35 
 
 		 410 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 412 aa  156  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.52 
 
 		 410 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 412 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>