More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0449 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
235 aa  488  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  40.42 
 
 
239 aa  181  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  40.17 
 
 
234 aa  181  8.000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.32 
 
 
235 aa  175  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.41 
 
 
234 aa  166  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.33 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.91 
 
 
246 aa  154  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  35.17 
 
 
234 aa  135  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  34.94 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.05 
 
 
247 aa  104  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  29.33 
 
 
248 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
247 aa  95.5  7e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_6230  predicted protein  31.08 
 
 
246 aa  92.8  4e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  30.86 
 
 
239 aa  92  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  31.3 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.44 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.49 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.4 
 
 
239 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.06 
 
 
244 aa  86.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.09 
 
 
234 aa  87  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  29.49 
 
 
242 aa  85.9  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
249 aa  85.5  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
260 aa  85.5  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  29.39 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 
222 aa  84  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
238 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.39 
 
 
242 aa  84  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.94 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  30.84 
 
 
247 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.94 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 
245 aa  82  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  29.33 
 
 
240 aa  82  0.000000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  31.34 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 
222 aa  81.6  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  30.18 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  31.62 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 
244 aa  80.9  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  30.22 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.58 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.62 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.94 
 
 
247 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  31.13 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  27.2 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07231  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.419144  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0668  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.38 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0450086  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.45 
 
 
244 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.66 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 
252 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.19 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.17 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
244 aa  75.9  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
249 aa  75.9  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.55 
 
 
246 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.45 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
243 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.17 
 
 
244 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  30.94 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  28.28 
 
 
251 aa  74.3  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.1 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0525282  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  29.15 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.51 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.79 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.28 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 
248 aa  73.6  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.02 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.96 
 
 
244 aa  73.2  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.25 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.25 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.25 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.7 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0248  protein of unknown function DUF558  28.86 
 
 
253 aa  72.8  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.42 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.27 
 
 
243 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.87 
 
 
241 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
235 aa  72.4  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.95 
 
 
238 aa  72.4  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.02 
 
 
248 aa  72  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>