More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_1192 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
243 aa  494  1e-139  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0525282  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.03 
 
 
243 aa  248  6e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07411  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.2 
 
 
259 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.54697  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0100  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.89 
 
 
254 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.89 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041784 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0668  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.9 
 
 
257 aa  164  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0450086  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07231  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.32 
 
 
257 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.419144  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07811  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.75 
 
 
251 aa  152  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00244277 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07211  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.12 
 
 
257 aa  151  8e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.664589  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  33.89 
 
 
235 aa  109  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
235 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
258 aa  103  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  34.3 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
257 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
246 aa  95.5  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  32.77 
 
 
241 aa  95.1  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
251 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  33.49 
 
 
243 aa  91.7  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  32.47 
 
 
251 aa  91.3  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  31.05 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
238 aa  89.7  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  26.72 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  30.73 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  31.3 
 
 
251 aa  88.2  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  31.22 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  31.72 
 
 
254 aa  87.8  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.06 
 
 
247 aa  86.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  30.65 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
243 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
251 aa  85.5  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.97 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.41 
 
 
246 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  33.33 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.23 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  28.09 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.67 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.2 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.67 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  25.42 
 
 
233 aa  82  0.000000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
248 aa  82  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  27.08 
 
 
243 aa  81.6  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
256 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
240 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  29.91 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.65 
 
 
254 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.14 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  27.49 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.9 
 
 
235 aa  79.3  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  31.91 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  27.07 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  33.19 
 
 
259 aa  79  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  26.27 
 
 
248 aa  79  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  29.22 
 
 
245 aa  79  0.00000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.81 
 
 
242 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.9 
 
 
242 aa  78.6  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
249 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
247 aa  77.8  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  30.84 
 
 
249 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.19 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.49 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.14 
 
 
244 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.67 
 
 
247 aa  77  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.88 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.88 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.77 
 
 
239 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.8 
 
 
249 aa  77  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.46 
 
 
244 aa  77  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.75 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.57 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.39 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 
241 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  25.12 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.6 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.57 
 
 
249 aa  75.5  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.45 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  26.18 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  30.21 
 
 
248 aa  75.1  0.0000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>