More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0370 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
238 aa  474  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.2 
 
 
254 aa  223  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.05 
 
 
239 aa  222  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.17 
 
 
246 aa  221  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.8 
 
 
257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.6 
 
 
257 aa  218  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.21 
 
 
257 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.46 
 
 
245 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.58 
 
 
249 aa  205  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.28 
 
 
285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.03 
 
 
248 aa  190  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.48 
 
 
250 aa  188  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.28 
 
 
248 aa  188  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.26 
 
 
249 aa  185  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.47 
 
 
248 aa  185  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  45.23 
 
 
250 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.93 
 
 
251 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  44.4 
 
 
250 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 
245 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  43.98 
 
 
250 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.43 
 
 
210 aa  178  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  45.99 
 
 
250 aa  177  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  45.42 
 
 
253 aa  175  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  43.59 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.61 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  45.9 
 
 
264 aa  172  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.12 
 
 
245 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.45 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.28 
 
 
249 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.02 
 
 
257 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  43.44 
 
 
267 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.1 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.51 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  42 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.73 
 
 
242 aa  161  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.02 
 
 
261 aa  154  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.61 
 
 
238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 
228 aa  144  2e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.53 
 
 
250 aa  130  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.37 
 
 
247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.48 
 
 
241 aa  115  7.999999999999999e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
239 aa  112  6e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
250 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
244 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
241 aa  99.8  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
250 aa  99.8  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.89 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
244 aa  98.6  8e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.16 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  31.12 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
242 aa  95.5  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.69 
 
 
242 aa  94.7  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
239 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
244 aa  94  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  30.7 
 
 
240 aa  94  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  30.71 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  35.51 
 
 
248 aa  93.2  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
242 aa  92.4  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
239 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  32.63 
 
 
255 aa  92.4  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.46 
 
 
244 aa  92.4  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.88 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
242 aa  91.3  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  32.13 
 
 
242 aa  90.5  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  29.02 
 
 
251 aa  90.1  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  30.88 
 
 
227 aa  89.7  3e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.16 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
240 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  89  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.83 
 
 
248 aa  89.4  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
240 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.4 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.67 
 
 
239 aa  89  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
246 aa  89  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
230 aa  89  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.27 
 
 
244 aa  88.6  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.56 
 
 
251 aa  87.8  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.05 
 
 
242 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.95 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.39 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>