More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2363 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
210 aa  407  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.65 
 
 
249 aa  241  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.69 
 
 
249 aa  233  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.43 
 
 
238 aa  190  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.37 
 
 
246 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.11 
 
 
257 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.43 
 
 
257 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.67 
 
 
257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.84 
 
 
254 aa  179  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.42 
 
 
249 aa  178  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  45.58 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  44.65 
 
 
250 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  44.19 
 
 
250 aa  170  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.89 
 
 
239 aa  170  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  45.58 
 
 
253 aa  169  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 
245 aa  169  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  44.19 
 
 
250 aa  166  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  44.71 
 
 
250 aa  166  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.86 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  44 
 
 
265 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  44.34 
 
 
267 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.51 
 
 
248 aa  155  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.04 
 
 
285 aa  155  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.83 
 
 
251 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.89 
 
 
251 aa  154  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.57 
 
 
248 aa  153  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.28 
 
 
248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.85 
 
 
242 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.43 
 
 
247 aa  152  4e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.12 
 
 
251 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.97 
 
 
257 aa  142  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.39 
 
 
245 aa  141  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.1 
 
 
245 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.74 
 
 
251 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.51 
 
 
245 aa  138  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  42.47 
 
 
264 aa  137  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.67 
 
 
261 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.28 
 
 
247 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 
245 aa  132  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.08 
 
 
250 aa  129  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.43 
 
 
238 aa  122  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  34.25 
 
 
240 aa  111  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.67 
 
 
239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
241 aa  109  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33 
 
 
228 aa  105  4e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  36.7 
 
 
243 aa  105  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.5 
 
 
241 aa  105  5e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
244 aa  104  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
244 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
239 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.2 
 
 
255 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
239 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
239 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.81 
 
 
240 aa  101  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
239 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  36.77 
 
 
245 aa  101  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 
239 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36.7 
 
 
244 aa  99.8  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.38 
 
 
242 aa  99  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.25 
 
 
239 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.18 
 
 
239 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.1 
 
 
239 aa  98.2  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.42 
 
 
241 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.71 
 
 
240 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.82 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.89 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.1 
 
 
240 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
240 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  34.7 
 
 
251 aa  94  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.88 
 
 
245 aa  94.4  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.12 
 
 
250 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.07 
 
 
247 aa  92.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  31.48 
 
 
242 aa  89.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.62 
 
 
247 aa  89  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
250 aa  88.6  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.1 
 
 
244 aa  88.2  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.47 
 
 
244 aa  88.2  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.23 
 
 
245 aa  87.8  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.32 
 
 
244 aa  86.3  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  34.85 
 
 
230 aa  86.3  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
250 aa  86.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  31.68 
 
 
239 aa  85.9  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.89 
 
 
242 aa  85.9  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
250 aa  85.5  5e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.41 
 
 
244 aa  85.5  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  34.21 
 
 
255 aa  84.7  8e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
260 aa  84.7  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.38 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.1 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.1 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.1 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  28.97 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.18 
 
 
245 aa  83.6  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.03 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.25 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.1 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.1 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.25 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.12 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>