More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1342 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
251 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  85.26 
 
 
251 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  82.47 
 
 
251 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72 
 
 
251 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.28 
 
 
250 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.95 
 
 
257 aa  345  5e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.97 
 
 
261 aa  330  2e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  61.9 
 
 
250 aa  277  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  61.75 
 
 
250 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  63.6 
 
 
253 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  61.51 
 
 
250 aa  275  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  62.3 
 
 
250 aa  274  8e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  57.03 
 
 
250 aa  265  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  55.51 
 
 
265 aa  256  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  56.03 
 
 
267 aa  251  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.94 
 
 
242 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.02 
 
 
285 aa  236  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.22 
 
 
248 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.6 
 
 
248 aa  230  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.84 
 
 
248 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.24 
 
 
245 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.62 
 
 
245 aa  221  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.8 
 
 
247 aa  221  9e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.03 
 
 
245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.82 
 
 
245 aa  217  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.41 
 
 
257 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  53.06 
 
 
264 aa  206  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.04 
 
 
257 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.64 
 
 
257 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.76 
 
 
239 aa  199  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.79 
 
 
246 aa  198  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.27 
 
 
254 aa  190  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.96 
 
 
245 aa  188  7e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
249 aa  184  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.69 
 
 
249 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.45 
 
 
238 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.75 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.72 
 
 
247 aa  148  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.86 
 
 
210 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.9 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.09 
 
 
250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.19 
 
 
239 aa  129  6e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.91 
 
 
241 aa  126  3e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.57 
 
 
238 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  35.18 
 
 
244 aa  118  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.43 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 
241 aa  105  7e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  34.4 
 
 
245 aa  103  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32 
 
 
244 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  30.04 
 
 
227 aa  101  1e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.1 
 
 
244 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
244 aa  99.8  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.1 
 
 
244 aa  99  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  29.34 
 
 
248 aa  99  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.17 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.17 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  33.46 
 
 
255 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  33.2 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  35.16 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.68 
 
 
242 aa  96.3  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.68 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.92 
 
 
249 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
243 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.69 
 
 
243 aa  94  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.4 
 
 
248 aa  94.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.76 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
240 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.99 
 
 
240 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.57 
 
 
242 aa  92.4  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  32.51 
 
 
251 aa  92  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.1 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.56 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.4 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  28.35 
 
 
245 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.06 
 
 
242 aa  89.7  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.09 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.8 
 
 
249 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.17 
 
 
245 aa  89.4  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
239 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
239 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  31.98 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.05 
 
 
240 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.17 
 
 
245 aa  87  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  32.94 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
244 aa  86.3  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.26 
 
 
242 aa  86.7  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  29.88 
 
 
245 aa  86.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  25.9 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.9 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.9 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.9 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 
243 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>