More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0372 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
248 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.16 
 
 
248 aa  292  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.27 
 
 
285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.06 
 
 
248 aa  276  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.2 
 
 
245 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.86 
 
 
245 aa  268  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.66 
 
 
245 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.82 
 
 
245 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.74 
 
 
247 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.44 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.44 
 
 
251 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.02 
 
 
250 aa  234  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.44 
 
 
257 aa  230  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  51.24 
 
 
250 aa  229  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  52.03 
 
 
250 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  51.01 
 
 
253 aa  226  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  52.03 
 
 
250 aa  226  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56 
 
 
251 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 
251 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  51.63 
 
 
250 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  51.63 
 
 
250 aa  222  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  51.64 
 
 
264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.28 
 
 
238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.26 
 
 
239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  47.47 
 
 
265 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  49.4 
 
 
267 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.44 
 
 
261 aa  209  4e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.33 
 
 
242 aa  205  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.06 
 
 
246 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.98 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.41 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.22 
 
 
257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.17 
 
 
249 aa  190  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.61 
 
 
249 aa  188  9e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.7 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.98 
 
 
249 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.49 
 
 
238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.28 
 
 
210 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.67 
 
 
247 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
239 aa  149  4e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
241 aa  141  9e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.96 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.1 
 
 
244 aa  131  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.53 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.51 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.55 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36.29 
 
 
244 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  33.47 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
240 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.38 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.33 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.26 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
241 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.67 
 
 
242 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
243 aa  112  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30.08 
 
 
243 aa  112  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
243 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  30.89 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  33.33 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  30.89 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
241 aa  111  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  38.46 
 
 
243 aa  111  9e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
259 aa  111  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
239 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
259 aa  111  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  30.89 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
243 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
243 aa  109  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  32.4 
 
 
245 aa  109  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.25 
 
 
246 aa  108  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  30.49 
 
 
242 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.28 
 
 
243 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 
239 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  107  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.68 
 
 
246 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
244 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
239 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
239 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.71 
 
 
244 aa  106  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>