More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2244 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  100 
 
 
265 aa  512  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  86.21 
 
 
267 aa  413  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  71.04 
 
 
250 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  70.27 
 
 
250 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  69.88 
 
 
250 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  71.04 
 
 
250 aa  333  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  60.63 
 
 
250 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  58.75 
 
 
253 aa  262  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.73 
 
 
250 aa  259  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.37 
 
 
251 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.85 
 
 
251 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.17 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.27 
 
 
251 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.75 
 
 
251 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.26 
 
 
261 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.48 
 
 
242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.98 
 
 
245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.22 
 
 
285 aa  209  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.24 
 
 
257 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.08 
 
 
257 aa  205  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48 
 
 
239 aa  205  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.44 
 
 
248 aa  205  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.69 
 
 
257 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
254 aa  202  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.7 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.58 
 
 
246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.56 
 
 
247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.62 
 
 
245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  51 
 
 
264 aa  194  9e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.83 
 
 
245 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.47 
 
 
248 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.6 
 
 
249 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.49 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.4 
 
 
245 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.35 
 
 
249 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42 
 
 
238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.01 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44 
 
 
210 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.43 
 
 
247 aa  142  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.21 
 
 
238 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.94 
 
 
250 aa  118  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.72 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  32.3 
 
 
227 aa  113  3e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
241 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
239 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.43 
 
 
239 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  31.94 
 
 
245 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.05 
 
 
239 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
239 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
239 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.66 
 
 
239 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.43 
 
 
241 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
244 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 
250 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
239 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.05 
 
 
239 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  35 
 
 
245 aa  98.6  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 
240 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  33.59 
 
 
255 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.59 
 
 
247 aa  95.9  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
244 aa  95.5  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.89 
 
 
243 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
250 aa  95.1  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.08 
 
 
244 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.89 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.37 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.5 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.68 
 
 
245 aa  92.8  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.98 
 
 
242 aa  92.8  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.27 
 
 
240 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
243 aa  92.4  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.12 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  33.46 
 
 
248 aa  91.7  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.5 
 
 
243 aa  91.3  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  30.94 
 
 
247 aa  91.3  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.25 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.5 
 
 
243 aa  90.5  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  30.2 
 
 
251 aa  89.7  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.89 
 
 
243 aa  89.7  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.14 
 
 
249 aa  89  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.21 
 
 
246 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.12 
 
 
243 aa  89  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.5 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.5 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  28.24 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  28.24 
 
 
243 aa  87  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>