More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0656 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  100 
 
 
264 aa  523  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.4 
 
 
246 aa  240  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.19 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  52.26 
 
 
250 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  49.4 
 
 
250 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.31 
 
 
257 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.31 
 
 
257 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.39 
 
 
257 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  51.44 
 
 
250 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  51.42 
 
 
267 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.06 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  51.79 
 
 
265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.46 
 
 
248 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.61 
 
 
239 aa  217  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.62 
 
 
251 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  50.62 
 
 
250 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  50.21 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.54 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.54 
 
 
247 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.2 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.19 
 
 
257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.23 
 
 
245 aa  211  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.82 
 
 
251 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  49.59 
 
 
253 aa  207  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.36 
 
 
285 aa  205  8e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.41 
 
 
251 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.58 
 
 
261 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.54 
 
 
248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.49 
 
 
248 aa  199  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.97 
 
 
245 aa  198  7e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.47 
 
 
242 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.54 
 
 
249 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.9 
 
 
238 aa  192  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.95 
 
 
245 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.36 
 
 
245 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.13 
 
 
245 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.45 
 
 
249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.68 
 
 
228 aa  152  4e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.57 
 
 
238 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
250 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.47 
 
 
210 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.37 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  37.5 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
241 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
244 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  35.06 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.57 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.14 
 
 
246 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.43 
 
 
239 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  33.2 
 
 
243 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.68 
 
 
243 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.66 
 
 
240 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.59 
 
 
243 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
243 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
243 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30 
 
 
248 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.65 
 
 
244 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.3 
 
 
243 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.33 
 
 
240 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.78 
 
 
239 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.17 
 
 
240 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.42 
 
 
243 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  34.51 
 
 
248 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  32.3 
 
 
243 aa  105  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.76 
 
 
243 aa  105  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.25 
 
 
242 aa  105  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.22 
 
 
239 aa  105  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.88 
 
 
255 aa  105  8e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.42 
 
 
244 aa  105  9e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
239 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  32.81 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  32.81 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
239 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.42 
 
 
244 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.39 
 
 
239 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  32.81 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
244 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
246 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  29.48 
 
 
242 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
243 aa  102  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
243 aa  102  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.57 
 
 
240 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
243 aa  102  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
243 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>