More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0388 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
245 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  71.72 
 
 
245 aa  347  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.49 
 
 
245 aa  341  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  64.9 
 
 
245 aa  315  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  64.49 
 
 
285 aa  292  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  63.27 
 
 
248 aa  286  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.41 
 
 
248 aa  281  8.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.2 
 
 
248 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  56.5 
 
 
250 aa  254  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  56.1 
 
 
250 aa  254  9e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  55.69 
 
 
250 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.73 
 
 
250 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.28 
 
 
247 aa  240  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  50.98 
 
 
265 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  53.25 
 
 
250 aa  236  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.63 
 
 
251 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  54.25 
 
 
253 aa  236  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  52.61 
 
 
267 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.44 
 
 
251 aa  228  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.64 
 
 
257 aa  227  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.25 
 
 
251 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  50.41 
 
 
250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.04 
 
 
251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.78 
 
 
254 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.67 
 
 
242 aa  209  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.68 
 
 
239 aa  208  5e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
257 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.26 
 
 
261 aa  207  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  51.23 
 
 
264 aa  206  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
257 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44 
 
 
257 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.57 
 
 
246 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 
245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.61 
 
 
238 aa  196  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.51 
 
 
249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.68 
 
 
249 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.3 
 
 
247 aa  151  8e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.13 
 
 
249 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.65 
 
 
239 aa  144  9e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.97 
 
 
250 aa  140  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.51 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.02 
 
 
228 aa  135  7.000000000000001e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
241 aa  134  9e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.81 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32 
 
 
239 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.13 
 
 
240 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.14 
 
 
239 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
239 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.92 
 
 
244 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.01 
 
 
244 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  39.6 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  34.82 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.27 
 
 
240 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.14 
 
 
239 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.13 
 
 
244 aa  108  7.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  32.11 
 
 
243 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  31.87 
 
 
248 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.85 
 
 
244 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  31.05 
 
 
245 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  34.1 
 
 
227 aa  107  2e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.92 
 
 
239 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.68 
 
 
239 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
244 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
244 aa  104  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
243 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.41 
 
 
251 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.09 
 
 
242 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
242 aa  102  4e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
239 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
246 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  29.55 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
244 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
241 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  29.27 
 
 
243 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  29.55 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
243 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  29.55 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.03 
 
 
243 aa  99  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.02 
 
 
251 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  31.84 
 
 
247 aa  98.6  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.33 
 
 
244 aa  98.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.65 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  29.84 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.72 
 
 
250 aa  95.1  8e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>