More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2275 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
249 aa  487  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 
249 aa  258  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.65 
 
 
210 aa  242  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.87 
 
 
246 aa  230  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 
249 aa  223  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.15 
 
 
239 aa  211  7e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.41 
 
 
257 aa  210  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.4 
 
 
257 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.22 
 
 
254 aa  204  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.05 
 
 
245 aa  202  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46 
 
 
257 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  46.28 
 
 
250 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.26 
 
 
238 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.08 
 
 
250 aa  193  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  45.45 
 
 
250 aa  192  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.73 
 
 
247 aa  191  1e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  46.28 
 
 
250 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.64 
 
 
251 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  45.64 
 
 
250 aa  188  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  46.31 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  43.14 
 
 
265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.32 
 
 
251 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.17 
 
 
248 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.12 
 
 
251 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  43.39 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.89 
 
 
261 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.09 
 
 
242 aa  171  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.5 
 
 
285 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.27 
 
 
251 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.18 
 
 
248 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  43.67 
 
 
267 aa  168  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.67 
 
 
248 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  39.84 
 
 
253 aa  164  9e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.19 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.35 
 
 
245 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 
241 aa  158  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.26 
 
 
238 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.88 
 
 
247 aa  155  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.8 
 
 
245 aa  154  9e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.68 
 
 
245 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.18 
 
 
250 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.93 
 
 
228 aa  138  1e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.03 
 
 
241 aa  131  9e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.67 
 
 
239 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.83 
 
 
239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 
245 aa  124  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  36.25 
 
 
239 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.25 
 
 
240 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.42 
 
 
239 aa  121  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.04 
 
 
239 aa  121  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.85 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
239 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
239 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
240 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35 
 
 
239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  33.88 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.24 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.31 
 
 
241 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.8 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.74 
 
 
240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.82 
 
 
240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  34.08 
 
 
242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.95 
 
 
251 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 
244 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
244 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.78 
 
 
242 aa  112  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.73 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.73 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
243 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.4 
 
 
251 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  34.68 
 
 
248 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.73 
 
 
247 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  32 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  36.97 
 
 
251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  109  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  34.85 
 
 
244 aa  108  9.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.11 
 
 
244 aa  107  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.64 
 
 
244 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.4 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
250 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  34.76 
 
 
251 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.02 
 
 
242 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  32.02 
 
 
227 aa  106  3e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.25 
 
 
245 aa  106  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 
250 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
242 aa  105  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.99 
 
 
245 aa  105  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  36.7 
 
 
245 aa  105  8e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.6 
 
 
242 aa  105  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.38 
 
 
243 aa  105  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  30.33 
 
 
247 aa  105  8e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
244 aa  105  9e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
243 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.75 
 
 
243 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  32.51 
 
 
243 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.89 
 
 
240 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>