More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5780 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 245 aa  498  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  71.43 
 
 		 245 aa  338  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  71.72 
 
 		 245 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  64.9 
 
 		 245 aa  316  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.57 
 
 		 285 aa  281  5.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.35 
 
 		 248 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.91 
 
 		 248 aa  274  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.82 
 
 		 248 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  51.63 
 
 		 250 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  51.63 
 
 		 250 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.01 
 
 		 251 aa  234  9e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  51.22 
 
 		 250 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.23 
 
 		 250 aa  230  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.64 
 
 		 251 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  51.42 
 
 		 253 aa  227  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.02 
 
 		 257 aa  223  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.82 
 
 		 251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  49.17 
 
 		 250 aa  215  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.03 
 
 		 251 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  49.59 
 
 		 250 aa  214  9e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.8 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  45.49 
 
 		 265 aa  208  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.56 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.84 
 
 		 239 aa  206  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 		 257 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  47.39 
 
 		 267 aa  206  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.64 
 
 		 246 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.38 
 
 		 254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.79 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.7 
 
 		 245 aa  184  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.51 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  47.95 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.03 
 
 		 249 aa  177  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.8 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.53 
 
 		 247 aa  148  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.32 
 
 		 249 aa  139  6e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 		 239 aa  136  4e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 210 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.13 
 
 		 250 aa  125  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.4 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  34.78 
 
 		 227 aa  123  3e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.99 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 		 244 aa  115  6e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  35.08 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.47 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.55 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.53 
 
 		 244 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.79 
 
 		 249 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  31.91 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  36.89 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.16 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.16 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.16 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.65 
 
 		 245 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  29.68 
 
 		 236 aa  102  4e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 		 240 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.47 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 		 246 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  34.8 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  31.58 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  31.08 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 		 251 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  35.06 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.89 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  33.61 
 
 		 245 aa  99.8  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.28 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 		 243 aa  99.4  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  28.98 
 
 		 242 aa  99  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 		 243 aa  99  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 		 245 aa  99  6e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.92 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  26.94 
 
 		 243 aa  98.6  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.86 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.16 
 
 		 249 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  30.2 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 		 245 aa  97.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 		 251 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.23 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  29.44 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.72 
 
 		 239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 		 239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.09 
 
 		 243 aa  95.9  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>