299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4116 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
251 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  85.26 
 
 
251 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  85.26 
 
 
251 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72 
 
 
251 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.65 
 
 
257 aa  350  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.16 
 
 
250 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  71.08 
 
 
261 aa  331  6e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  62.8 
 
 
250 aa  280  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  61.6 
 
 
250 aa  276  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  61.2 
 
 
250 aa  275  6e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  60.8 
 
 
250 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  63.2 
 
 
253 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  57.03 
 
 
250 aa  267  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  56.27 
 
 
265 aa  254  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  54.86 
 
 
267 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.84 
 
 
242 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.24 
 
 
285 aa  232  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.44 
 
 
248 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.02 
 
 
248 aa  218  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 
248 aa  218  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.79 
 
 
247 aa  215  5e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.25 
 
 
245 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.82 
 
 
245 aa  208  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.62 
 
 
257 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.57 
 
 
245 aa  204  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.78 
 
 
245 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  51.64 
 
 
264 aa  203  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.83 
 
 
257 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.38 
 
 
239 aa  198  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.83 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.39 
 
 
246 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.17 
 
 
245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.84 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.62 
 
 
249 aa  179  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
238 aa  178  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.12 
 
 
249 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.34 
 
 
249 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.71 
 
 
247 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.74 
 
 
210 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
241 aa  132  7.999999999999999e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.11 
 
 
250 aa  128  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.26 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  35.71 
 
 
244 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.34 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.08 
 
 
244 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.35 
 
 
244 aa  113  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  29.29 
 
 
227 aa  104  2e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.4 
 
 
244 aa  102  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
241 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
243 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  29.69 
 
 
248 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.99 
 
 
240 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.35 
 
 
245 aa  99.4  6e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.52 
 
 
248 aa  99  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.11 
 
 
245 aa  99  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.16 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
240 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.87 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  33.47 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.25 
 
 
259 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.29 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.25 
 
 
259 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.22 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  33.86 
 
 
249 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.06 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.41 
 
 
244 aa  95.1  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 
259 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 
259 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.82 
 
 
247 aa  94  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.08 
 
 
243 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.85 
 
 
242 aa  94  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
243 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.45 
 
 
242 aa  92.8  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.43 
 
 
239 aa  92  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.46 
 
 
243 aa  92  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  32.79 
 
 
248 aa  91.7  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.16 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.84 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
245 aa  90.1  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.86 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  32.06 
 
 
255 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.86 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  26.59 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  26.59 
 
 
243 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.86 
 
 
243 aa  89.4  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  26.59 
 
 
243 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  32.13 
 
 
249 aa  89  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.84 
 
 
243 aa  88.6  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>