More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3113 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
250 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.2 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.08 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.66 
 
 
249 aa  143  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.89 
 
 
238 aa  142  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.16 
 
 
239 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.25 
 
 
247 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.62 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.13 
 
 
245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.53 
 
 
238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.28 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  38.49 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  37.6 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.28 
 
 
257 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  40.68 
 
 
253 aa  129  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.44 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.01 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.82 
 
 
257 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.97 
 
 
249 aa  126  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.68 
 
 
251 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  39.84 
 
 
250 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.82 
 
 
251 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  41.06 
 
 
250 aa  123  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.65 
 
 
247 aa  122  5e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.57 
 
 
251 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  39.43 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.09 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  38.61 
 
 
267 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.35 
 
 
249 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.57 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.42 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.29 
 
 
261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  37.94 
 
 
265 aa  118  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.56 
 
 
245 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.36 
 
 
210 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.95 
 
 
248 aa  117  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.21 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  39.22 
 
 
250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.86 
 
 
228 aa  115  8.999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.1 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.26 
 
 
251 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.65 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.72 
 
 
243 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  31.58 
 
 
227 aa  93.2  3e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  36.53 
 
 
232 aa  93.2  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.67 
 
 
246 aa  92  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.78 
 
 
235 aa  91.7  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
258 aa  86.3  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  34.68 
 
 
235 aa  85.9  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.51 
 
 
250 aa  86.3  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  27.19 
 
 
234 aa  84  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  28.97 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  31.09 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  30.37 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07811  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.11 
 
 
251 aa  82  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00244277 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  36.12 
 
 
251 aa  81.6  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  34.08 
 
 
232 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.1 
 
 
250 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
244 aa  80.5  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  33.89 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
245 aa  79  0.00000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.63 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
239 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.82 
 
 
244 aa  77.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.04 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  35.47 
 
 
244 aa  77.4  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  30.57 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  28.3 
 
 
230 aa  77.4  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  31.7 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.22 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.51 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
241 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  30.74 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.39 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
242 aa  75.9  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  28.57 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  30.97 
 
 
239 aa  75.5  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.25 
 
 
239 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  32.24 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.64 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.78 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.88 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  26.39 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.67 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.97 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  31.01 
 
 
255 aa  72  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  34.21 
 
 
254 aa  72  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>