More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1007 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
257 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  98.44 
 
 
257 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  89.84 
 
 
257 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.54 
 
 
246 aa  352  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  69.26 
 
 
249 aa  330  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.6 
 
 
239 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.26 
 
 
245 aa  291  5e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.99 
 
 
254 aa  236  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.6 
 
 
238 aa  218  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  49 
 
 
250 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  48.21 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  48.62 
 
 
250 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  50.39 
 
 
264 aa  204  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  46.69 
 
 
265 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  46.64 
 
 
267 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.4 
 
 
251 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  48.02 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.04 
 
 
251 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.6 
 
 
249 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.03 
 
 
250 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.62 
 
 
248 aa  191  9e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  44.4 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  47.04 
 
 
253 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 
245 aa  185  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 
245 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.6 
 
 
249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.43 
 
 
257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.83 
 
 
251 aa  181  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.62 
 
 
285 aa  180  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.8 
 
 
245 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.4 
 
 
245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.67 
 
 
261 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 
242 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.43 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.22 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.8 
 
 
247 aa  172  5e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.11 
 
 
210 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.05 
 
 
251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46 
 
 
247 aa  159  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39 
 
 
238 aa  142  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.48 
 
 
228 aa  132  6.999999999999999e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.28 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.23 
 
 
241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
239 aa  115  6e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.68 
 
 
255 aa  109  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.3 
 
 
244 aa  106  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  32.82 
 
 
244 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.04 
 
 
240 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
241 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
243 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  33.05 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.27 
 
 
243 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  32.83 
 
 
255 aa  99.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
247 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.69 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.04 
 
 
240 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.13 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.04 
 
 
240 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  34.85 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.84 
 
 
244 aa  96.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.46 
 
 
239 aa  95.9  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  29.44 
 
 
227 aa  94  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
251 aa  92.8  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  29.18 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.5 
 
 
241 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.27 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  31.06 
 
 
245 aa  92.4  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.3 
 
 
249 aa  92.4  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  29.18 
 
 
243 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  29.18 
 
 
243 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
257 aa  92  8e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  31.91 
 
 
248 aa  92  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
244 aa  92  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.08 
 
 
240 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.68 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.12 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.62 
 
 
242 aa  91.3  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.29 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.2 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
259 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
259 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  28.24 
 
 
248 aa  90.1  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
259 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  30.9 
 
 
230 aa  90.1  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>