More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3944 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
247 aa  490  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.46 
 
 
250 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.63 
 
 
245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.5 
 
 
242 aa  208  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.5 
 
 
242 aa  207  9e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.09 
 
 
244 aa  205  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.58 
 
 
260 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 
260 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.395907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.72 
 
 
250 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4814  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.75 
 
 
273 aa  192  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0635574 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.84 
 
 
240 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.32 
 
 
251 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  42.34 
 
 
248 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.73 
 
 
251 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.04 
 
 
254 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
255 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.62 
 
 
251 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.99 
 
 
255 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.99 
 
 
255 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.13 
 
 
255 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.13 
 
 
255 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.75 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  39.42 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.99 
 
 
255 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.99 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.58 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  39.42 
 
 
249 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.77 
 
 
239 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.98 
 
 
244 aa  158  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.51 
 
 
239 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.68 
 
 
249 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.63 
 
 
247 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.51 
 
 
239 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.51 
 
 
239 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.67 
 
 
242 aa  154  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  37.66 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.93 
 
 
239 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.51 
 
 
255 aa  150  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.35 
 
 
239 aa  146  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  40.76 
 
 
239 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  37.8 
 
 
244 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
239 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.76 
 
 
246 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.24 
 
 
242 aa  142  7e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.82 
 
 
244 aa  142  7e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.55 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
244 aa  139  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  33.61 
 
 
242 aa  138  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  36.1 
 
 
248 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  32.78 
 
 
246 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.15 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.59 
 
 
240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  35.5 
 
 
245 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.67 
 
 
243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.91 
 
 
240 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  37.39 
 
 
242 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35 
 
 
243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  38.72 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.48 
 
 
243 aa  129  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  32.78 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  34.17 
 
 
242 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.71 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  31.54 
 
 
247 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.54 
 
 
250 aa  125  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  34.87 
 
 
245 aa  125  9e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  38.05 
 
 
251 aa  124  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.75 
 
 
244 aa  122  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 
250 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.75 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.85 
 
 
249 aa  120  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0248  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.87 
 
 
243 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
249 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.89 
 
 
243 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0226  hypothetical protein  34.57 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.08 
 
 
243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  33.62 
 
 
248 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  35.68 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.57 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.57 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.57 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.4 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  35.44 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.26 
 
 
244 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.98 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  33.91 
 
 
243 aa  115  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  34.56 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.86 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.16 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.16 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.74 
 
 
243 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>