More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BRA0762 on replicon NC_004311
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
248 aa  507  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  98.79 
 
 
285 aa  499  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.42 
 
 
248 aa  388  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  63.27 
 
 
245 aa  279  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.43 
 
 
245 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.02 
 
 
245 aa  271  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.06 
 
 
248 aa  270  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.35 
 
 
245 aa  267  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.1 
 
 
247 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  53.66 
 
 
250 aa  248  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  53.25 
 
 
250 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.23 
 
 
251 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  53.66 
 
 
250 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.85 
 
 
250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.22 
 
 
251 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  52.67 
 
 
250 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  52.03 
 
 
250 aa  231  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.82 
 
 
257 aa  226  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  51.82 
 
 
253 aa  225  6e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  50.4 
 
 
267 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.44 
 
 
251 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.44 
 
 
251 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  48.44 
 
 
265 aa  221  7e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.22 
 
 
242 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.26 
 
 
239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.03 
 
 
238 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.8 
 
 
261 aa  200  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.97 
 
 
246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  46.72 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.14 
 
 
257 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.37 
 
 
254 aa  191  9e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.43 
 
 
257 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.03 
 
 
257 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.44 
 
 
249 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.15 
 
 
245 aa  170  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.25 
 
 
249 aa  170  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.56 
 
 
249 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.57 
 
 
210 aa  151  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.79 
 
 
238 aa  142  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.36 
 
 
228 aa  139  3e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
241 aa  140  3e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.42 
 
 
247 aa  138  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
239 aa  137  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.07 
 
 
250 aa  130  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
241 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36.4 
 
 
244 aa  121  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.01 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.41 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
244 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  33.91 
 
 
227 aa  107  1e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.01 
 
 
240 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.17 
 
 
239 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
239 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
239 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
245 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.12 
 
 
244 aa  99.8  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.13 
 
 
255 aa  99.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  32.38 
 
 
255 aa  99  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  33.48 
 
 
245 aa  98.2  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.47 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  37.12 
 
 
232 aa  96.7  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
241 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  32.19 
 
 
240 aa  95.9  6e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.65 
 
 
244 aa  95.9  6e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  28.69 
 
 
248 aa  95.1  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.65 
 
 
245 aa  95.1  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.26 
 
 
242 aa  94.7  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.92 
 
 
243 aa  94  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.03 
 
 
242 aa  93.2  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  30.45 
 
 
242 aa  92  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.08 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.82 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
259 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
259 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.91 
 
 
234 aa  90.1  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  89.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.96 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  33.93 
 
 
251 aa  89.7  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.92 
 
 
240 aa  89.7  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
259 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
259 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  32.11 
 
 
245 aa  89  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  34.94 
 
 
243 aa  88.6  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.74 
 
 
242 aa  88.6  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.27 
 
 
248 aa  88.2  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>