More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2902 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  100 
 
 		 253 aa  499  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  64.11 
 
 		 250 aa  296  3e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  62.9 
 
 		 250 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  61.75 
 
 		 267 aa  288  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  62.5 
 
 		 250 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  60.48 
 
 		 250 aa  288  6e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  61.29 
 
 		 250 aa  284  9e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.73 
 
 		 250 aa  281  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  63.6 
 
 		 251 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  58.75 
 
 		 265 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  63.2 
 
 		 251 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.23 
 
 		 251 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.64 
 
 		 261 aa  260  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.47 
 
 		 251 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.94 
 
 		 242 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.66 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.04 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.25 
 
 		 245 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.82 
 
 		 248 aa  227  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.01 
 
 		 248 aa  220  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.42 
 
 		 245 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.8 
 
 		 247 aa  221  9.999999999999999e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.43 
 
 		 257 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.57 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.95 
 
 		 239 aa  206  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.04 
 
 		 257 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  49.59 
 
 		 264 aa  197  9e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.17 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.33 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.42 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.5 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.46 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.84 
 
 		 249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.58 
 
 		 210 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.33 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.28 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.47 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.16 
 
 		 250 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.45 
 
 		 241 aa  135  8e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.12 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.89 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36 
 
 		 244 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  36.9 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  32.6 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.56 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.55 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  33.46 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  30.56 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 		 239 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.13 
 
 		 240 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.38 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.68 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.9 
 
 		 250 aa  99  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.31 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  35.43 
 
 		 248 aa  97.1  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.25 
 
 		 244 aa  96.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 		 246 aa  96.3  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.47 
 
 		 255 aa  96.7  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.64 
 
 		 244 aa  95.5  8e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 		 239 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  32.95 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.29 
 
 		 243 aa  94  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.56 
 
 		 248 aa  93.6  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  29.8 
 
 		 248 aa  92.4  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 		 240 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  34 
 
 		 248 aa  92.4  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  29.41 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  29.41 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 		 239 aa  92  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  29.02 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  28.92 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.41 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  30.08 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.88 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.2 
 
 		 242 aa  90.5  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  31.43 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.8 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.64 
 
 		 246 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.68 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.46 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>