More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0838 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 230 aa  436  1e-121  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  53.04 
 
 		 232 aa  198  5e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  49.56 
 
 		 232 aa  191  9e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  36.95 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.56 
 
 		 239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  40.17 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  34.5 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  34.93 
 
 		 239 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.45 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  32.33 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  39.29 
 
 		 242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.13 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  37.61 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.96 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.31 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  34.53 
 
 		 253 aa  105  7e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.35 
 
 		 235 aa  105  9e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  33.01 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.61 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  36.19 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.65 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  34.38 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.95 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.71 
 
 		 245 aa  101  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  30.45 
 
 		 240 aa  101  9e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.98 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.36 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.1 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.95 
 
 		 247 aa  99.8  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  38.39 
 
 		 244 aa  99.4  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.57 
 
 		 240 aa  99  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.48 
 
 		 240 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.48 
 
 		 240 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  28.77 
 
 		 233 aa  97.4  1e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.8 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.33 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.77 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.8 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.44 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.79 
 
 		 240 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  34.25 
 
 		 235 aa  96.7  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30.24 
 
 		 243 aa  95.9  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  33.18 
 
 		 241 aa  95.9  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.75 
 
 		 251 aa  94.7  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  31.56 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 		 228 aa  93.6  2e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 		 249 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.41 
 
 		 243 aa  93.2  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  30.74 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.97 
 
 		 251 aa  92.4  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  32.92 
 
 		 246 aa  92.4  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 		 243 aa  92  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3257  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.87 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2857  protein of unknown function DUF558  34.87 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.92 
 
 		 243 aa  92  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 		 244 aa  91.7  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.83 
 
 		 246 aa  91.7  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.21 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.44 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.67 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.82 
 
 		 245 aa  90.1  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.61 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.55 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.86 
 
 		 250 aa  90.1  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  36.07 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.79 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  35.83 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.02 
 
 		 255 aa  89.4  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.02 
 
 		 255 aa  89.4  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.65 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 244 aa  89.4  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  29.57 
 
 		 242 aa  89.4  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.83 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  34.94 
 
 		 249 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.92 
 
 		 249 aa  88.6  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  33.19 
 
 		 246 aa  88.6  8e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.53 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 		 249 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.92 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.72 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.23 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  38.25 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>