More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0090 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.23 
 
 
246 aa  254  7e-67  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0197  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.37 
 
 
247 aa  240  1e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000890176  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.57 
 
 
250 aa  194  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.57 
 
 
250 aa  194  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.81 
 
 
249 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.98 
 
 
253 aa  188  7e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.12 
 
 
249 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.68 
 
 
249 aa  176  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.68 
 
 
249 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.47 
 
 
249 aa  175  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.68 
 
 
249 aa  175  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.25 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.25 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.25 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.25 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.81 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  42.29 
 
 
246 aa  169  4e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.85 
 
 
249 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.23 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1187  hypothetical protein  36.61 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.440639  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  40 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  33.2 
 
 
246 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.86 
 
 
249 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 
245 aa  115  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
257 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  33.49 
 
 
247 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
243 aa  109  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  30.77 
 
 
251 aa  108  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
250 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.09 
 
 
243 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.09 
 
 
243 aa  107  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
243 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.09 
 
 
243 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
258 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
250 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
243 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
247 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl303  hypothetical protein  30.32 
 
 
238 aa  103  3e-21  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  7.40714e-31  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
246 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  31.88 
 
 
246 aa  102  6e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.07 
 
 
260 aa  102  8e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0298  RNA methyltransferase, RsmE family  29.63 
 
 
234 aa  101  1e-20  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  31.14 
 
 
248 aa  101  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
235 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 
248 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  32.61 
 
 
239 aa  99.8  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  29.91 
 
 
242 aa  99.8  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 
248 aa  99.8  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 
248 aa  99.8  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
244 aa  99.4  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  31.08 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.44 
 
 
242 aa  99  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  29.74 
 
 
233 aa  99  7e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  32.27 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  31.89 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  31.56 
 
 
251 aa  97.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  29.65 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  29.65 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
241 aa  96.7  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  37.97 
 
 
232 aa  96.7  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  29.65 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  31.19 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
259 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
259 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  31.88 
 
 
251 aa  94.7  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.2 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  32.89 
 
 
235 aa  94.7  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.09 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  32.37 
 
 
236 aa  94  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.11 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.22 
 
 
243 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
241 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  29.71 
 
 
245 aa  94  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  29.07 
 
 
242 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.22 
 
 
243 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.85 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 
249 aa  93.2  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  32.31 
 
 
232 aa  92.8  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 
259 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 
259 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.73 
 
 
244 aa  92.4  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.22 
 
 
243 aa  92  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
246 aa  92  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.32 
 
 
243 aa  92  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.13 
 
 
245 aa  92  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>