More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_1088 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
233 aa  444  1.0000000000000001e-124  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  50.43 
 
 
236 aa  238  5e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.07 
 
 
249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.94 
 
 
257 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  35.84 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  30.19 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.32 
 
 
245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  30.23 
 
 
245 aa  112  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.72 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.25 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  34.98 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.8 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.41 
 
 
260 aa  105  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.39 
 
 
248 aa  105  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.95 
 
 
250 aa  105  7e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  30.63 
 
 
251 aa  105  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.42 
 
 
250 aa  105  8e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  28.11 
 
 
249 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
253 aa  103  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
243 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.27 
 
 
244 aa  101  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
250 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
250 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.77 
 
 
243 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
246 aa  99.4  5e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.74 
 
 
250 aa  99  6e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  26.98 
 
 
249 aa  97.8  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.7 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 
258 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
230 aa  97.4  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.71 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1548  protein of unknown function DUF558  36.94 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0197  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 
247 aa  97.1  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000890176  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.76 
 
 
247 aa  96.3  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  32.49 
 
 
247 aa  95.9  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  25.64 
 
 
254 aa  95.5  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.03 
 
 
239 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
256 aa  95.1  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.1 
 
 
246 aa  95.1  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  26.98 
 
 
239 aa  95.1  9e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl303  hypothetical protein  35.62 
 
 
238 aa  94.7  1e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  7.40714e-31  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.66 
 
 
247 aa  94.4  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.62 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.17 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
244 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
249 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.7 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.91 
 
 
245 aa  93.6  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.17 
 
 
255 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.7 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.58 
 
 
239 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
246 aa  93.2  3e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.54 
 
 
248 aa  93.6  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.58 
 
 
239 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
247 aa  92.8  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
239 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.23 
 
 
254 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  27.88 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.96 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  27.23 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.64 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.53 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  26.91 
 
 
246 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0298  RNA methyltransferase, RsmE family  31.53 
 
 
234 aa  89  6e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.21 
 
 
249 aa  89  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.79 
 
 
251 aa  89  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.13 
 
 
239 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.15 
 
 
240 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.12 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.85 
 
 
251 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  29.81 
 
 
230 aa  87.8  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
249 aa  87  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.71 
 
 
243 aa  87  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  29.19 
 
 
244 aa  87  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.71 
 
 
243 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.19 
 
 
239 aa  87  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.71 
 
 
243 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0226  hypothetical protein  27.48 
 
 
253 aa  86.3  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.88 
 
 
244 aa  86.3  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.48 
 
 
249 aa  85.9  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  26.55 
 
 
248 aa  85.9  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.44 
 
 
247 aa  85.9  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.92 
 
 
247 aa  85.9  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  27.4 
 
 
242 aa  85.9  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.48 
 
 
245 aa  85.9  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>