More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5959 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
212 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  66.51 
 
 
216 aa  279  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  68.29 
 
 
218 aa  278  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  68.56 
 
 
216 aa  265  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  60.1 
 
 
220 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  57.69 
 
 
218 aa  247  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  56.25 
 
 
209 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.83 
 
 
203 aa  212  2.9999999999999995e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  43.48 
 
 
205 aa  205  3e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  45.32 
 
 
207 aa  198  6e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  48.02 
 
 
222 aa  190  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.45 
 
 
203 aa  190  1e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  47.52 
 
 
223 aa  184  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  47.62 
 
 
223 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  40.2 
 
 
210 aa  157  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 
203 aa  153  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  41 
 
 
209 aa  151  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  39 
 
 
209 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 
203 aa  148  6e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  43.75 
 
 
205 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  35.61 
 
 
201 aa  145  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  38.5 
 
 
210 aa  144  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  43.59 
 
 
208 aa  134  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  42.56 
 
 
208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.84 
 
 
238 aa  99.4  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.93 
 
 
233 aa  92  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 
244 aa  90.1  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 
205 aa  89  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
239 aa  88.2  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
232 aa  84  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.05 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
236 aa  81.6  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.11 
 
 
719 aa  81.6  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.88 
 
 
246 aa  80.9  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.57 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.29 
 
 
236 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  34.07 
 
 
228 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  37.29 
 
 
235 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
233 aa  73.2  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.21 
 
 
236 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
236 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  30.51 
 
 
729 aa  72.8  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
236 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  29.48 
 
 
238 aa  71.2  0.000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
251 aa  70.9  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.25 
 
 
707 aa  70.9  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 
232 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  38.14 
 
 
714 aa  70.5  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  30.3 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
956 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  28.02 
 
 
233 aa  69.7  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.95 
 
 
498 aa  70.1  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  42.27 
 
 
616 aa  69.3  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  30.53 
 
 
239 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.51 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
930 aa  68.6  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 
921 aa  68.2  0.00000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 
944 aa  67.8  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.08 
 
 
479 aa  68.2  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.89 
 
 
1367 aa  66.6  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30.46 
 
 
695 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.89 
 
 
1367 aa  66.6  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.04 
 
 
213 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
695 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  30.23 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.41 
 
 
1442 aa  66.2  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  32.02 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.12 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.63 
 
 
226 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.82 
 
 
659 aa  65.9  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.14 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
706 aa  65.1  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.91 
 
 
927 aa  64.7  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.25 
 
 
200 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  30.96 
 
 
200 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.61 
 
 
200 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 
238 aa  64.3  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.7 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  32.11 
 
 
237 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.33 
 
 
198 aa  63.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.89 
 
 
719 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
239 aa  63.5  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 
238 aa  63.5  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  24.44 
 
 
320 aa  63.5  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.48 
 
 
226 aa  63.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  31.07 
 
 
1388 aa  63.2  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.14 
 
 
952 aa  63.2  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
239 aa  62.8  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  29.91 
 
 
233 aa  63.2  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 
342 aa  62.4  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
239 aa  61.6  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.26 
 
 
695 aa  61.6  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
231 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>