More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2792 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  100 
 
 		 292 aa  575  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  60.22 
 
 		 291 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  58.84 
 
 		 288 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  63.06 
 
 		 323 aa  333  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  59.03 
 
 		 296 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  60.38 
 
 		 296 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  58.18 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  59.26 
 
 		 311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  59.57 
 
 		 289 aa  309  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  53.33 
 
 		 303 aa  281  6.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  55.38 
 
 		 300 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  51.48 
 
 		 314 aa  248  6e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  44.49 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  40.96 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  41.42 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 291 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  38.11 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 312 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  30.9 
 
 		 321 aa  118  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 379 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.57 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  32.45 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.14 
 
 		 328 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  33.7 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  31.32 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.64 
 
 		 341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  33.21 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  31.05 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.51 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3574  periplasmic binding protein  36.4 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0136612 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.45 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  32.01 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  32.01 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  32.01 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  30.31 
 
 		 308 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.45 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.01 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.47 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  31.23 
 
 		 478 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  33.81 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.21 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.72 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  31.42 
 
 		 285 aa  106  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  32.66 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  30.07 
 
 		 483 aa  105  9e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.26 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  38.26 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  37.88 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  29.77 
 
 		 312 aa  102  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  32.84 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.08 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  28.02 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.64 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.64 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  32.99 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 310 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  32.86 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  29.49 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.07 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.07 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.07 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.07 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  31.07 
 
 		 332 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.31 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  37.88 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  30.91 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2146  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  33.17 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.543136  normal  0.254057 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.07 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  31.28 
 
 		 331 aa  96.3  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 339 aa  95.5  9e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.9 
 
 		 351 aa  95.5  9e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.71 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  30.41 
 
 		 406 aa  95.1  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25 
 
 		 363 aa  94.4  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  25.34 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  26.58 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.83 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.87 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  31.65 
 
 		 382 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  30.4 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2743  hypothetical protein  29.93 
 
 		 700 aa  90.1  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>