More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2146 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2146  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 		 297 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.543136  normal  0.254057 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 379 aa  122  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 341 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  29.12 
 
 		 299 aa  104  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.04 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 318 aa  102  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.85 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.85 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.94 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  33.17 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.09 
 
 		 331 aa  95.9  8e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 337 aa  94.4  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.51 
 
 		 338 aa  94  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  31.63 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.7 
 
 		 318 aa  90.9  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 354 aa  90.9  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.18 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  30.46 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 333 aa  89.4  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 288 aa  89  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  23.59 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  23.59 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.25 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  28.43 
 
 		 274 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.03 
 
 		 258 aa  86.3  6e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 289 aa  86.3  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.64 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  25.8 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  27.08 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  26.52 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  23 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  24.72 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.41 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.58 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.86 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  27.68 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  26.4 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.45 
 
 		 517 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.14 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 275 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  22.84 
 
 		 331 aa  76.6  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  28.15 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  23.75 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  27 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 275 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  23.16 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  25.73 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.27 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.19 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  24.45 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 339 aa  75.9  0.0000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  23.77 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  24.15 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  26.18 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.44 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  26.9 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  23.66 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1789  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein, putative  26.61 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1604  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein, putative  26.41 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.25 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1972  putative hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  25.54 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.28 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  25.73 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 270 aa  72.8  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>