More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3787 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 298 aa  621  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  60 
 
 		 300 aa  385  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  58.98 
 
 		 297 aa  359  3e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  57.91 
 
 		 295 aa  346  2e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  53.58 
 
 		 298 aa  346  3e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  49.66 
 
 		 302 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 300 aa  288  6e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  49.46 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  47.52 
 
 		 303 aa  285  7e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 304 aa  280  3e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  43.2 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  42.76 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  43.1 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  43.05 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 302 aa  248  7e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  44.2 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  41.5 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 308 aa  241  7.999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  42.27 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  41.02 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.73 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  42.37 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  43.73 
 
 		 307 aa  237  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  42.07 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.53 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  42.65 
 
 		 303 aa  235  8e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  42.32 
 
 		 302 aa  234  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  41.02 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  42.81 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  42.75 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  40.88 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  39.26 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  40.64 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  37.58 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  42.03 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  38.99 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  40.07 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  65.38 
 
 		 115 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  47.62 
 
 		 87 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  34.82 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.51 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  22.94 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.64 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  44.16 
 
 		 330 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.22 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  33.96 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  23.26 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  39.74 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  20.16 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  39.02 
 
 		 291 aa  67  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3169  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.97 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.926354 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 440 aa  65.9  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>