More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1645 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 232 aa  479  1e-134  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.71 
 
 		 240 aa  245  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.32 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 238 aa  170  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  36.91 
 
 		 236 aa  169  5e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.05 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.66 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.48 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 237 aa  159  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 235 aa  158  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 245 aa  156  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.67 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.39 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  38.56 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.56 
 
 		 236 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  36.82 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 250 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 245 aa  151  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.48 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  34.65 
 
 		 241 aa  149  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 243 aa  148  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.62 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.9 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.06 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  36.44 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 237 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.32 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  34.21 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.11 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.04 
 
 		 228 aa  138  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  31.88 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.43 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  135  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  35 
 
 		 235 aa  135  7.000000000000001e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 248 aa  132  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.33 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.9 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.38 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.83 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 242 aa  126  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 256 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 249 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  31.7 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  30.97 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 260 aa  122  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  29.11 
 
 		 234 aa  122  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.43 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 250 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  29.05 
 
 		 244 aa  118  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.01 
 
 		 272 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  29.05 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.45 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  27.14 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.04 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 256 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 252 aa  115  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.71 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  30.6 
 
 		 249 aa  115  7.999999999999999e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  28.41 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  31.74 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30.6 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.03 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  27.05 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.51 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.91 
 
 		 244 aa  112  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.6 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.25 
 
 		 261 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  28.45 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  28.45 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 244 aa  111  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.22 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  28.74 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0579  response regulator receiver protein  30.74 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>