More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0127 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  61.46 
 
 
623 aa  753    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  57.19 
 
 
587 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.13 
 
 
587 aa  660    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
604 aa  1239    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.25 
 
 
561 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  53.51 
 
 
623 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  51.96 
 
 
592 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.11 
 
 
592 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.11 
 
 
592 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  49.66 
 
 
614 aa  556  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  52.14 
 
 
587 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  50.62 
 
 
587 aa  552  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.82 
 
 
540 aa  510  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  45.63 
 
 
579 aa  487  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  45.5 
 
 
574 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  45.33 
 
 
573 aa  477  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
555 aa  478  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.73 
 
 
564 aa  475  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 
564 aa  475  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  47.51 
 
 
581 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  47.76 
 
 
570 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.82 
 
 
560 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.44 
 
 
562 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  46.34 
 
 
574 aa  465  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  44.95 
 
 
540 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.94 
 
 
582 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  45.66 
 
 
564 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  40.98 
 
 
570 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  47.03 
 
 
550 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  42.81 
 
 
558 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  44.04 
 
 
542 aa  451  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  41.03 
 
 
590 aa  450  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.25 
 
 
566 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.83 
 
 
562 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.89 
 
 
585 aa  434  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.91 
 
 
546 aa  425  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  43.17 
 
 
564 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  45.26 
 
 
564 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  42.55 
 
 
586 aa  410  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.21 
 
 
553 aa  362  1e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.94 
 
 
568 aa  335  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.62 
 
 
575 aa  328  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.75 
 
 
543 aa  326  6e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.1 
 
 
535 aa  318  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.45 
 
 
543 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.64 
 
 
547 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.9 
 
 
545 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.98 
 
 
554 aa  310  6.999999999999999e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.64 
 
 
554 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.81 
 
 
541 aa  303  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.63 
 
 
541 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.49 
 
 
473 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
473 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
473 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.02 
 
 
470 aa  298  3e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.19 
 
 
552 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.46 
 
 
454 aa  292  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  35.15 
 
 
547 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.02 
 
 
515 aa  284  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.7 
 
 
455 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.87 
 
 
442 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  41.4 
 
 
549 aa  279  8e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.14 
 
 
502 aa  279  9e-74  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.1 
 
 
472 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.65 
 
 
458 aa  279  1e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.01 
 
 
635 aa  278  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.5 
 
 
534 aa  278  3e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.5 
 
 
538 aa  278  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.8 
 
 
533 aa  277  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  45.71 
 
 
466 aa  276  7e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
456 aa  276  8e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.9 
 
 
501 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.71 
 
 
542 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.2 
 
 
471 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.4 
 
 
650 aa  274  4.0000000000000004e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.86 
 
 
490 aa  272  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
480 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.35 
 
 
448 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
483 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.27 
 
 
454 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.35 
 
 
460 aa  270  4e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2524  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.61 
 
 
464 aa  270  4e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
537 aa  270  4e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.14 
 
 
485 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  44.01 
 
 
507 aa  270  5e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
451 aa  270  5e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
483 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.28 
 
 
544 aa  270  5e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.84 
 
 
455 aa  269  8.999999999999999e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
473 aa  269  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2381  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
505 aa  269  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  42.06 
 
 
564 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.47 
 
 
544 aa  269  1e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.2 
 
 
458 aa  269  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.56 
 
 
581 aa  268  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.84 
 
 
653 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
458 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.93 
 
 
445 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.74 
 
 
452 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>