More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0827 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 313 aa  635    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.49 
 
 		 334 aa  221  9.999999999999999e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  48.37 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  35.42 
 
 		 340 aa  198  7.999999999999999e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  51.36 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  51.83 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  49.1 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  49.55 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  46.88 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  43.41 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  46.32 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  47.69 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  46.49 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  48.87 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  45.7 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  48.57 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.49 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  38.18 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 366 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.5 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  38.5 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  45.13 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 336 aa  159  6e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  39.43 
 
 		 318 aa  159  7e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  46.9 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  34.24 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.57 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0361  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.495035  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3007  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  38.94 
 
 		 387 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.54 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  45.13 
 
 		 327 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 412 aa  156  4e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  47.98 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 358 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  34.49 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 354 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2749  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  35.18 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 371 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  38.94 
 
 		 351 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 366 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 368 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>