209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1095 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 450 aa  918    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  30.77 
 
 		 476 aa  227  4e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  36.43 
 
 		 460 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  46.7 
 
 		 565 aa  179  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  44.39 
 
 		 511 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.51 
 
 		 477 aa  163  6e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.06 
 
 		 464 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.88 
 
 		 429 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  27.5 
 
 		 501 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  37.25 
 
 		 422 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.8 
 
 		 393 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.84 
 
 		 477 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  32.78 
 
 		 453 aa  130  3e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.92 
 
 		 479 aa  123  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  29.27 
 
 		 469 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  26.71 
 
 		 490 aa  119  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.61 
 
 		 435 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  34.76 
 
 		 429 aa  110  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  39.89 
 
 		 834 aa  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.53 
 
 		 495 aa  107  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  28.75 
 
 		 547 aa  106  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  33.33 
 
 		 471 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  32.4 
 
 		 211 aa  105  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.34 
 
 		 432 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.74 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.71 
 
 		 532 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  32.55 
 
 		 440 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.81 
 
 		 459 aa  100  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  30.39 
 
 		 538 aa  99.8  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  35.11 
 
 		 405 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.7 
 
 		 427 aa  97.4  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.83 
 
 		 393 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  35.48 
 
 		 419 aa  95.9  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 587 aa  94  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.17 
 
 		 406 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  27.83 
 
 		 456 aa  90.5  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.76 
 
 		 419 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.76 
 
 		 419 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.65 
 
 		 495 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 		 457 aa  87.8  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  24.58 
 
 		 397 aa  87.8  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  32.75 
 
 		 595 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.34 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.39 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.64 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.76 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.41 
 
 		 492 aa  82.4  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  35.42 
 
 		 447 aa  82  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  27.87 
 
 		 532 aa  80.5  0.00000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.62 
 
 		 442 aa  80.9  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.32 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  29.45 
 
 		 162 aa  79.3  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.68 
 
 		 386 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.83 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.57 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.98 
 
 		 642 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  26.72 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  26.99 
 
 		 409 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.99 
 
 		 426 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.64 
 
 		 528 aa  76.3  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  24.42 
 
 		 395 aa  76.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.47 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 436 aa  74.7  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  23.19 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  29.52 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.32 
 
 		 493 aa  73.6  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  22.57 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  25.64 
 
 		 456 aa  73.6  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  29.81 
 
 		 589 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  29.03 
 
 		 514 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  30.1 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 549 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.29 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  24.09 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  24.26 
 
 		 368 aa  70.1  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 616 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.17 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  23.55 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  20.49 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 		 451 aa  66.6  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 427 aa  66.6  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  23.22 
 
 		 447 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  23.92 
 
 		 437 aa  66.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  22.61 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.3 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 		 429 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.5 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.87 
 
 		 462 aa  63.5  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.85 
 
 		 520 aa  63.2  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  24.5 
 
 		 400 aa  62.8  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  24.77 
 
 		 578 aa  62.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>