More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2809 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 275 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  72.49 
 
 		 282 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  65.44 
 
 		 281 aa  371  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  62.98 
 
 		 275 aa  321  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  55.93 
 
 		 276 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  55.56 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  56.23 
 
 		 278 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  47.81 
 
 		 277 aa  241  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  49.07 
 
 		 275 aa  237  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  46.32 
 
 		 279 aa  236  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  47.49 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0095  diaminopimelate epimerase  44.31 
 
 		 266 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.567794 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  42.53 
 
 		 269 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  42.53 
 
 		 269 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  42.53 
 
 		 269 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  42.03 
 
 		 280 aa  218  7e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  46.44 
 
 		 268 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  44.25 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  42.76 
 
 		 293 aa  212  3.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  38.15 
 
 		 267 aa  209  4e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 267 aa  207  1e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  46.39 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  44.13 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  44.85 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  37.55 
 
 		 280 aa  202  5e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  41.2 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  39.42 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  43.42 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  40.86 
 
 		 282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  41.88 
 
 		 290 aa  199  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  40.86 
 
 		 283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  44.91 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  44.53 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  39.43 
 
 		 279 aa  196  3e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  42.55 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  38.35 
 
 		 281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 275 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 275 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  41.4 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  37.64 
 
 		 274 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  43.07 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  45.56 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  40.69 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 277 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  37 
 
 		 275 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  41.76 
 
 		 276 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  41.76 
 
 		 276 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  36.53 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  42.55 
 
 		 293 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  38.27 
 
 		 283 aa  191  8e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 277 aa  191  8e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  37.73 
 
 		 275 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  37.73 
 
 		 275 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  37.14 
 
 		 279 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  36.16 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 278 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  36.16 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  36.16 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  40.14 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  43.27 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  36.16 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  36.16 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  36.63 
 
 		 290 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  40.29 
 
 		 279 aa  189  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  44.09 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  39.71 
 
 		 277 aa  188  5.999999999999999e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  36.17 
 
 		 284 aa  189  5.999999999999999e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 276 aa  188  7e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  35.61 
 
 		 277 aa  188  8e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  43.4 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  37.87 
 
 		 278 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  42.49 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  38.03 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  38.77 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  36.9 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  36.9 
 
 		 274 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  39.85 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 282 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  39.85 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 278 aa  186  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  37.01 
 
 		 281 aa  186  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  36.76 
 
 		 276 aa  186  5e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  36.75 
 
 		 279 aa  185  7e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  40.29 
 
 		 276 aa  185  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>