More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23110 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  100 
 
 		 288 aa  567  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  61.72 
 
 		 287 aa  309  4e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  58.45 
 
 		 300 aa  295  4e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  58.15 
 
 		 303 aa  290  1e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  58.45 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  53.9 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  37.72 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.1 
 
 		 316 aa  155  8e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  38.58 
 
 		 278 aa  152  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  34.27 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  37.05 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  37.59 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  36.24 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  39.18 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  37.17 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  38.49 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.86 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  34.62 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  38.35 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.27 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  35.79 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  36.5 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.77 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  39.07 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.82 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  38.85 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  34.35 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  40.87 
 
 		 331 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  34.01 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  35.38 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  34.73 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  33.67 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.25 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  33.46 
 
 		 311 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  34.49 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  33.68 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  34.62 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  32.3 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  32.3 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  34.16 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  34.44 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  31.54 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  33.62 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.01 
 
 		 281 aa  126  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  35.81 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  35.81 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  35.81 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  37.25 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.87 
 
 		 299 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  31.36 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  35.29 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  34.02 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.08 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  33.19 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  37.02 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.8 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  33.96 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  33.59 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  30.23 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  32.87 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.28 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  35.47 
 
 		 290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  36.61 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  35.5 
 
 		 283 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  35.43 
 
 		 282 aa  118  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  32.77 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  33.22 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  32.91 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  32.77 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  41.14 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  30.5 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  36.67 
 
 		 306 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  35.41 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  31.1 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  41.04 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  36.93 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  36.68 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  41.04 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  35.93 
 
 		 505 aa  113  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  34.38 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  39.8 
 
 		 687 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  35.71 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  41.14 
 
 		 279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  33.85 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  35.27 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  36.77 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.95 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  34.74 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  32 
 
 		 269 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  36.28 
 
 		 279 aa  108  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  40.57 
 
 		 279 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  38.14 
 
 		 285 aa  108  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  35.74 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  33.46 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  38.62 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  36.17 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  35.74 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>