More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0057 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 287 aa  593  1e-168  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  45.42 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  41.75 
 
 		 274 aa  207  1e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  42.8 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  41.79 
 
 		 279 aa  205  6e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  39.08 
 
 		 270 aa  203  3e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  44.44 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  43.77 
 
 		 283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  40.64 
 
 		 268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  39.65 
 
 		 272 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0561  diaminopimelate epimerase  43.01 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00183817 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  38.13 
 
 		 266 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  39.11 
 
 		 268 aa  178  8e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 		 261 aa  178  8e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  36.63 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  38.97 
 
 		 259 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  38.57 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  37.5 
 
 		 258 aa  170  3e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  36.9 
 
 		 247 aa  168  9e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  37.27 
 
 		 249 aa  167  1e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  38.43 
 
 		 274 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  37.27 
 
 		 249 aa  165  9e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  37.89 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  36 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  36.92 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  36.26 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  35.64 
 
 		 264 aa  160  3e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  36.84 
 
 		 269 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  37.25 
 
 		 278 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1771  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 247 aa  159  6e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 275 aa  158  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  37.15 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  37.15 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  36.36 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  37.07 
 
 		 279 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  36.81 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  36.68 
 
 		 275 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  36.68 
 
 		 275 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  36.68 
 
 		 275 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  36.68 
 
 		 275 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  37.93 
 
 		 279 aa  155  7e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  36.46 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  38.67 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  38.87 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0107  diaminopimelate epimerase  38.13 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  36.77 
 
 		 277 aa  152  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0054  diaminopimelate epimerase  36.4 
 
 		 249 aa  151  1e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000506343  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1841  diaminopimelate epimerase  39.51 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  36.21 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  35.99 
 
 		 278 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  34.62 
 
 		 274 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  35.17 
 
 		 276 aa  148  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  34.93 
 
 		 278 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 272 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2046  diaminopimelate epimerase  36.65 
 
 		 257 aa  145  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  35.19 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  34.9 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  36.01 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  34.26 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  34.08 
 
 		 276 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  34.27 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0204  diaminopimelate epimerase  30.49 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.164402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  34.62 
 
 		 274 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  35.29 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  34.22 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  33 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  33.92 
 
 		 277 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0492  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 247 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  32.77 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  36.22 
 
 		 272 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  32.78 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  32.78 
 
 		 315 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 		 281 aa  138  8.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  32.41 
 
 		 276 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  34.65 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  31.27 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  32.77 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  35.83 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  32.77 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3249  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 275 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  34.21 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  31.94 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  34.71 
 
 		 276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  33.89 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>